In silico drug design (molecular design) package software with myPresto インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

MolDesk Series

MolDesk (モルデスク)は、インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計)・パッケージ・ソフトウェアです。計算エンジンとして、myPresto(※)を使っています。
MolDesk Basic と MolDesk Screening の2つの製品があります(機能の比較表)。

myPresto とは、AMED・ 経済産業省・NEDOの支援によって産業技術総合研究所・JBIC・大阪大学蛋白質研究所等によって開発された次世代天然物化学技術研究組合のソフトウェアです。

※ 弊社は、AMED の「ITを活用した革新的医薬品創出基盤技術開発」の共同研究に平成25年度から参加して、myPresto の開発を継続しており、MolDesk を通して研究成果・技術の普及に努めております。

※ 最近では MolDesk Screening による化合物インシリコスクリーニング計算サービスを大学などの研究機関向けに実施して、ヒット化合物の探索成功の成果も得ています。

※ myPresto および MolDesk は、北海道大学の講義で使用されており、詳しい内容は福西先生の計算創薬化学の講義資料にもあります。

MolDesk Screening ver.1.1.30  インシリコ スクリーニング ポケット探索

薬剤分子設計の支援を目指したソフトウェアで、数百万化合物の中から、数百~数千の候補化合物に、簡単に絞り込むことができます。通常のPCでも、最大2日程度で高速に精度良くスクリーニング計算します(200万化合物の場合)。MolDesk Screening は、MolDesk Basic のすべての機能を含みます。

ver.1.1.19 から sdf ファイル入力で、ユーザの指定する数百~数百万化合物のスクリーニング計算が可能になりました(従来は、LigandBox の200万化合物だけが、スクリーニング対象)。

ver.1.1.18 から スクリーニング結果リストのクリックで3次元ドッキングポーズの表示が可能になりました。

 MolDesk Screening バージョンアップ履歴

MolDesk Basic ver.1.1.30  なんでもMD どこでもドッキング

通常、PDB などを入力したときに、各分子の力場の割り当てや、H原子の付加、MOPAC7 AM1-BCC による電荷付加、水溶媒の生成 などは非常に手間がかかります。数回のクリックで、力場 (AMBER f99 / AMBER GAFF2) を割り当てて、分子動力学計算とドッキング計算をシームレスに実行できます。

ver.1.1.29 から 化合物の編集で、2Dエディター ( JChemPaint の最新版 ) が使用できるようになりました。2Dで編集した化合物は、ワンクリックで、3次元化して MolDesk に取り込めます。

ver.1.1.24 から myPresto (cosgene, psygene etc.) / DCD (MARBLE, CHARMM, NAMD etc.) / GROMACS / AMBER のトラジェクトリの動画や アニメーション GIF (animated GIF)ファイル出力が可能になりました。

ver.1.1.21 から PDB 入力の各分子鎖について、PDBj eF-site の正確な静電ポテンシャル面が表示できるようになりました。

MolDesk Basic バージョンアップ履歴

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