In silico drug design (molecular design) package software with myPresto インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

MolDesk Series

MolDesk (モルデスク)は、インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計)・パッケージ・ソフトウェアです。計算エンジンとして、myPresto(※)を使っています。
MolDesk Basic と MolDesk Screening の2つの製品があります(機能の比較表)。

myPresto とは、AMED・ 経済産業省・NEDOの支援によって産業技術総合研究所・JBIC・大阪大学蛋白質研究所等によって開発された次世代天然物化学技術研究組合のソフトウェアです。

MolDesk Screening ver.1.1.20  インシリコ スクリーニング ポケット探索

薬剤分子設計の支援を目指したソフトウェアで、数百万化合物の中から、数百~数千の候補化合物に、簡単に絞り込むことができます。通常のPCでも、最大2日程度で高速に精度良くスクリーニング計算します(200万化合物の場合)。MolDesk Screening は、MolDesk Basic のすべての機能を含みます。
ver.1.1.15 から MPI / CUDA (NVDIA GPU)による高速な MD 並列計算が可能になりました。
ver.1.1.18 から スクリーニング結果リストのクリックで3次元ドッキングポーズの表示が可能になりました。
ver.1.1.19 から sdf ファイル入力で、ユーザの指定する数百万化合物のスクリーニング計算が可能になりました(従来は、LigandBoxの200万化合物だけが、スクリーニング対象)。
 MolDesk Screening バージョンアップ履歴

MolDesk Basic ver.1.1.20  なんでもMD どこでもドッキング

通常、PDB などを入力したときに、各分子の力場の割り当てや、H原子の付加、MOPAC7 による電荷付加、水溶媒の生成 などは非常に手間がかかります。数回のクリックで、力場 (AMBER f99 / AMBER GAFF) を割り当てて、分子動力学計算とドッキング計算をシームレスに実行できます。
MolDesk Basic バージョンアップ履歴

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