ドッキング計算は、myPresto の sievgene というプログラムが使われていますが、デフォルトの設定値が、ベンゾジアゼピン程度を最小分子としています。

そのため、ベンゼンのような、それよりかなり小さい分子をドッキングさせたいときは、以下のように赤枠内の設定値を変更してください。ドッキング計算できるようになるかもしれません。(ハッシュテーブルに記録する 3 原子が構成する 3 角形の長さを小さくして、ハッシュテーブルになるべく参照値が存在するようにする効果があります。)

左:デフォルト設定値  右:ベンゼンなど小さな分子の設定値

なお、2 原子分子のような極端に小さな分子は、3 角形が作成できないため原理的に計算できません。