MolDesk Basic では、エネルギー最小化計算、MD 計算、ドッキング計算は、原子数 10 万個が上限です。 水溶媒のほとんどない、超巨大なタンパク質の系では、まれに、torsion (2面角) 最大数 20 万個の上限で、計算できないことがあります。

MolDesk Screening では、周期的境界条件を適用時(すなわち、水溶媒を Cube で生成したとき)の、エネルギー最小化計算、MD 計算は、原子数 20万個 が上限です( MDプログラム psygene で計算した場合)。ドッキング計算は、原子数 10 万個が上限です。