In silico drug design (molecular design) package software with myPresto インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

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MolDesk Basic バージョンアップ履歴

MolDesk Basic version 1.1.43 リリース

機能追加 エネルギー極小化計算と、MD 計算のデフォルト設定値の見直し。より安定に計算できる方向に修正した。 3D 表示のための JOGL ライブラリを、最新安定版 (JOGL ver.2.3.2) + 修正パッチ適応に …

MolDesk Basic version 1.1.42 リリース

機能追加 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸を背景色で色分けして表示していたが、文字色の色分けに変更。 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸の色分け表示を MD 計算やドッキング …

MolDesk Basic version 1.1.41 リリース

機能追加 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸を色分けして表示するようにした。20 種類の標準アミノ酸以外の残基は従来通り白で表示して、非標準アミノ酸がどこにあるかを確認しやすくした。 [Select …

MolDesk Basic version 1.1.40 リリース

機能追加   Basic Center ボタンで任意の選択分子・原子を 3D 表示の中心に移動したときに、最適なサイズで 3D 画面に収まるように自動的に拡大・縮小するが、Docking リスト の化合物のドッキングポー …

MolDesk Basic version 1.1.39 リリース

機能追加   Basic [Insert from file] で、point.pdb というファイル名の PDB ファイルを読み込んだときは、ドッキング計算のポイントファイル(ポケットのプローブ点集合)として読み込むよ …

MolDesk Basic version 1.1.38 リリース

バグ修正 Windows において、計算をキャンセルしたときに履歴フォルダが残るバグの修正。

MolDesk Basic version 1.1.37 リリース

機能追加 MD計算のデフォルト設定条件で、SHAKEをOFFにしました。

MolDesk Basic version 1.1.36 リリース

機能追加 MolDesk Basic の Mac版をリリース。 MD計算のデフォルト設定条件を全面的に見直して、より安定で、高精度、高速な条件に変更した。 MolDesk Basic の Mac版の開発・リリースに伴い、 …

MolDesk Basic version 1.1.35 リリース

機能追加 管理者権限でライセンスファイルを使ってライセンス認証した場合は、他のユーザはランセンス認証を行わなくとも良いように変更した。 ライセンスファイルを固定の場所に置く必要がなくなり、バージョンアップ時にライセンス認 …

MolDesk Basic version 1.1.34 リリース

機能追加 ver.1.1.33 に対する機能変更なし。MolDesk Screening の 機能追加によるバージョンアップに伴うバージョンアップ。

MolDesk Basic version 1.1.33 リリース

機能追加 アミノ酸を3文字から4文字表記に拡張した。 Hgene のバージョンアップにより、大部分の化合物の錯体がエラーなく計算できるようなった。ただし、金属原子との結合は、ng (結合がない)で計算する機能のみ現時点で …

MolDesk Basic version 1.1.32 リリース

機能追加 [Preference] – [Molecule] で、化合物の力場を、GAFF ver.2.1 / GAFF ver.1.8 / GAFF ver.1.7 / AMBER parm99 から選択で …

MolDesk Basic version 1.1.31 リリース

機能追加 sievgene_for_dockingpose ver.161210 へバージョンアップ それに伴い About MolDesk のコメント追加 バグ修正 Azure サーバ上で、Windows のルートパス …

MolDesk Basic version 1.1.30 リリース

機能追加 tplgeneX ver.20170321 へバージョンアップ、力場データの更新、HIS系の残基変更GUIの追加 tplgeneL ver.20170321 へバージョンアップ、化合物の力場を GAFF &#8 …

MolDesk Basic version 1.1.29 リリース

機能追加 2Dエディター JChemPaint による化合物の編集が可能になった。Ligand Info 画面の化合物を右クリックして [Edit 2D] メニューを選択すると、その分子を入力にして JChemPaint …

MolDesk Basic version 1.1.28 リリース

機能追加 Console 画面の計算ログの出力を高速化した。 特定の残基名の分子を脂質分子として認識するようにした(近い将来に、膜タンパク質のモデル機能を実装するため)。 Warning Console 画面を新たに設け …

MolDesk Basic version 1.1.27 リリース

機能追加 [Partical Charge] で化合物の電荷を生成する方法に、MOPAC7 AM1-BCC を追加した。 複数のプロジェクトで計算実行中でも、新規プロジェクトの作成を可能にした。 複数のプロジェクトがある …

MolDesk Basic version 1.1.26 リリース

バグ修正 Windows 64bit および Windows 32bit 版で、[Import Trajectory] メニューで、トラジェクトリファイルの動画を表示できないバグ修正。

MolDesk Basic version 1.1.25 リリース

機能追加 MD 計算において、NPT アンサンブルを選択したときに、詳細設定タブを必ず開いて積分法の変更をする必要があったが、詳細設定タブを開かなくとも NPT アンサンブルで計算できるように、最適な積分法を自動設定する …

MolDesk Basic version 1.1.24 リリース

機能追加 2 次元化合物の 3 次元化において、conformer 生成プログラム confgeneC の計算が終わらないケースがまれに発生するケースがあったので、5 分でタイムアウトしてエラーログ出力するようにした。 …

MolDesk Basic version 1.1.23 リリース

機能追加 MD Analysis 画面に [Save Animation] ボタンを設け、トラジェクトリの動画を、アニメーション GIF (animated GIF/ GIF animation) ファイルに保存できるよ …

MolDesk Basic version 1.1.22 リリース

機能追加 MD 計算後に、トラジェクトリの動画表示。動画は、3D 表示がそのまま動画になり、表示モデルや色の変更が可能、化合物は、2重、3重結合なども表示したまま動画。 MD Analysis 画面を新規に作成して、Mi …

MolDesk Basic version 1.1.21 リリース

機能追加 PDB 入力の各分子鎖について、PDBj eF-site の正確な静電ポテンシャル面が表示できるようになりました。 分子表面表示で、タンパク質内の Cavity だけの表示を可能にしました。 分子表面表示のデフ …

MolDesk Basic version 1.1.20 リリース

機能追加 [Axis] ボタンを追加して、3D表示で座標軸を表示できるようにしました。Red, Green, Blue の色で、それぞれ、x, y, z 方向の座標軸を表示します。

MolDesk Basic version 1.1.19 リリース

機能追加 ドッキング計算結果は、Docking Info 画面でリスト表示するように、GUI を整理した。 Docking Info のリストの化合物は、右クリックメニューで簡単に系に追加できるようにした。(系に追加する …

MolDesk Basic version 1.1.18 リリース

機能追加 NMR実験データによるドッキング計算 [Docking NMR] において、[Show Customize Tabs] ボタンを設けて、ドッキング計算プログラム sievgene_NMR のほぼ全部のパラメタ― …

MolDesk Basic version 1.1.17 リリース

機能追加 myPresto プログラム群の中で重要な力場生成プログラム tplgene を、最新版の tplgeneX に変更。 tplgeneX 実装により、核酸分子の計算が可能となった。 tplgeneX 実装により …

MolDesk Basic version 1.1.16 リリース

機能追加 [File] – [Copy Project] で、プロジェクトをコピーした際に、コピー元のプロジェクトに加えて、コピー先のプロジェクトも同時に開くようにした(系の複製を多数作成して、解析したいとい …

MolDesk Basic version 1.1.15 リリース

機能追加 [Docking NMR] で、溶液 NMR 実験データを入力するときに、ユーザが簡易に入力できる GUI を開発した。(以前は、ファイル入力だけだった。) 化合物データをインターネット経由で入力可能にした [ …

MolDesk Basic version 1.1.14 リリース

機能追加 AWS の Windows 64bit 環境下で動作するようコード全体を見直した。 バグ修正 [Clean Geometry] – [Only *** molecule and neiborhood …

MolDesk Basic version 1.1.13 リリース

機能追加 ツリー表示画面で、複数のプロジェクトを切り替えた後も、表示の状態を保存するようにした。 バグ修正 複数のプロジェクトを表示しているときに、リガンドリスト画面でリガンドを選択した後に、3D表示がおかしくなるバグ修 …

MolDesk Basic version 1.1.12 リリース

機能追加 3D表示画面で、背景(デフォルトで黒)をクリックしたときに、原子などの選択を解除するようにした。 バグ修正 「Cap with ACE and NME」コマンドでタンパク質の N/C 末端処理を行うときに、1個 …

MolDesk Basic version 1.1.11 リリース

バグ修正 ver.1.1.7, ver.1.1.8, ver.1.1.9, ver.1.1.10 において永久ライセンスが有効にならないバグ修正。

MolDesk Basic version 1.1.10 リリース

機能追加 ドッキング計算、および、[Convert to 3D Mol2] コマンドにおいて、多数の sdf / mol / mol2 ファイルを一括で選択して、座標の3次元化 + 電荷付加 する機能において、生成する …

MolDesk Basic version 1.1.9 リリース

機能追加 ドッキング計算で使うリガンド分子を、外部ファイル入力可能にしました。 ・多数の sdf/mol/mol2 ファイルを一括で指定可 ・一括で、3次元化 + 電荷付加も可 溶液 NMR の化合物のシグナル(水素原子 …

MolDesk Basic version 1.1.8 リリース

機能追加 ツリー表示で、分子番号が必ず連番になっていたが、初期の番号をなるべく保存するようにした。ただし、tplgene が実行されると連番になる。 上記の改良により、分子の削除、コピーの処理速度が高速になった。 ツリー …

MolDesk Basic version 1.1.7 リリース

機能追加 海外ユーザからの指摘で、特定の言語ロケールでMolDeskを起動したときに、実数入力でエラーになったり、PDBが正しく入力できない現象が見つかったので、起動時の言語ロケールを英語に限定した。 ドッキング計算にお …

MolDesk Basic version 1.1.4 リリース

機能追加 [File] – [Export Image] で、3D画面を png ファイルに出力するときに、幅と高さのピクセルサイズを指定して出力できるようにしました。高解像度の絵が必要な時や、A0ポスターに …

MolDesk Basic version 1.1.3 リリース

ver.1.1.2のバグ修正 ラベル表示が、Preference の設定を変えても切り替わらないバグの修正 機能追加 水素結合の表示で、結合に関わる原子のうち、どちらか一方が選択されたときに水素結合を表示するか、両方とも …

MolDesk Basic version 1.1.2 リリース

機能の大幅な追加に伴い、画面レイアウトも含めて、使いやすさを改良しました。 「Ligand Info画面」を新設し、系の全化合物の2D構造式と、合成容易性(SA)をリアルタイムに表示 新規に、「手動ドッキング」の計算機能 …

MolDesk Basic version 1.0.2.0 リリース

◆ 他の計算サーバで計算するための、Export機能を改良しました。 ● 「File」-「Export」で、作業中の系をzipファイルの形でまとめて外部出力するときに、ツリー表示の分子名と同じファイル名で、個別分子のPD …

MolDesk Basic version 1.0.1.0 リリース

◆ ファイルを入力して分子を取り込むときに、ファイルの情報を保持する方向で、以下の機能追加と修正をしました。 [Insert from File]では、座標変換を行って、3D画面でユーザがマウスクリックした点に分子を取り …

version 0.8.7 β

化合物に3重結合がある場合も、ドッキング計算やMD計算などができるようになりました。myPrestoでは、3重結合に関わる3原子が直鎖状に位置するときに、ドッキング計算、構造最適化計算、MD計算で、torsion計算が発 …

version 0.7.3 β

系全体のPDBファイルを出力可能にしました。 3D画面を、画像ファイル(png)出力可能にしました。

version 0.6.3 β

分子内の水素結合表示、分子間の水素結合表示が可能になりました。GUIでユーザが選択した分子について、水素結合を表示します。 ユーザが選択した原子(任意個数可)の、ラベル表示が可能になりました。「残基名 + 原子名」の形で …

version 0.5.0 β

タンパク質の表示で、分子表面表示モードを加えました。

version 0.4.5 β

ユーザが選択した任意の分子、原子の、3D画面での表示・非表示ができるようになりました。ツリー画面上で対象を選択してから、右クリックすると、「Show atom」「Hide atom」メニューが現われ、3D画面での表示・非 …

version 0.3.1 β

[Everything Clean Geometry] [Everything Clean Geometry Water]ボタンを追加しました。PDB / mol2 / sdf / mol ファイルを読み込んだときに、読 …

version 0.1.0 β

Linux動作版を作成しました。64bitだけを対象とし、32bitはサポートしません。

version 0.0.2 β

入力可能なファイル形式を、pdb mol2 だけから、pdb mol2 sdf mol に拡張しました。ChemDrawなどの、mol形式の出力ファイルが読み込めるようになりました。 spacefill表示の遠近法が強す …

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