In silico drug design (molecular design) package software with myPresto インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

MolDesk Basic コマンド一覧

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MolDesk Basic コマンド一覧

※ MolDesk Screening は、MolDesk Basic のコマンドをすべて含みます。

File

ファイル入出力 / プロジェクト操作

コマンド 機能
New Project プロジェクトの新規作成
Open Molecular File pdb / mol2 / sdf / mol ファイルを入力する。
Open Remote PDB PDB ID(4文字)を入力するだけで pdb ファイルをインターネット経由で入力する。
Open Project 既存のプロジェクトを開く
Copy Project プロジェクトをコピー
Save As 名前を付けてプロジェクトを保存 (すべてのコマンド履歴と入出力ファイルを保存)
Import エクスポートしたプロジェクトをインポート
Export プロジェクトをエクスポート (一番最後のコマンド履歴のすべての入出力ファイルをzip圧縮ファイルで保存)
Export PDB 3D画面の系全体の PDB ファイルを出力 (ドッキングの場合は、受容体のPDBファイルを出力)
Export TPL 3D画面の系全体の TPL ファイルを出力  (ドッキングの場合は、受容体のTPLファイルを出力)
Export Image 3D 画面を png 画像ファイルで出力 (幅×高さのピクセルサイズの指定可能)
Import Trajectory myPresto (cosgene, psygene etc.) / DCD (MARBLE, CHARMM, NAMD etc.) / GROMACS / AMBER の トラジェクトリファイルと、参照構造の PDB ファイルを入力して動画表示   アニメーション GIF (animated GIF) 保存
Export Trajectory トラジェクトリファイルを出力
Quit MolDesk を終了する

Select

詳細な選択をする

すでに何かを選択しているときは、AND (積集合)になります。

コマンド 機能
None 選択をすべて解除する。
Selected now 現在選択されている原子を表示する
Atoms within d angstrom 選択対象と、選択対象から、d Å以内の距離にある 原子 を選択する。
距離 d の値は、Preference で変更可能です。デフォルトは、5Å。
Sidechain within d angstrom 選択対象と、選択対象から、d Å以内の タンパク質 / 核酸 の 側鎖 を選択する。
距離 d の値は、Preference で変更可能です。デフォルトは、5Å。
Mainchain タンパク質 / 核酸 の 主鎖 を選択する
Sidechain タンパク質 / 核酸 の 側鎖 を選択する
Standard 20 Amino Acids 標準 20 アミノ酸 を選択する
Not Standard 20 Amino Acids 標準 20 アミノ酸以外 を選択する
Charged (荷電)アミノ酸 を選択する
Positive (正電荷)アミノ酸 を選択する
Neutral (中性)アミノ酸 を選択する
Negative (負電荷)アミノ酸 を選択する
Polar (極性)アミノ酸 を選択する
Hydrophobic (疎水性)アミノ酸 を選択する
Aliphatic (親水性)アミノ酸 を選択する
Basic (塩基性)アミノ酸 を選択する
Acidic (酸性)アミノ酸 を選択する
Acyclic (非環式)アミノ酸 を選択する
Aromatic (芳香環)アミノ酸 を選択する
Cyclic (環状)アミノ酸 を選択する
Surface (表面)アミノ酸 を選択する
Buried (埋もれた)アミノ酸 を選択する
Large (大)アミノ酸 を選択する
Medium (中)アミノ酸 を選択する
Small (小)アミノ酸 を選択する
Calpha 原子名が CA の原子 を選択する
Calpha and Phospho 原子名が CA のタンパク質の原子 または 原子名が P の核酸の原子 を選択する
Helix alpha-helix 構造を構成する原子 を選択する
Sheet beta-sheet 構造を構成する原子 を選択する
Turn turn 構造を構成する原子 を選択する
AT A または T を選択する
CG C または G を選択する
Purine プリン ( A または G ) を選択する
Pyrimidine ピリミジン ( C または T または U ) を選択する
DNA DNA分子 を選択する
RNA RNA分子 を選択する
Nucleic 核酸分子 を選択する

Display

3D表示操作

3D表示 / ツリー表示 / Selectメニュー で、選択した対象について実行されます。

コマンド 機能
Line Only ワイヤーフレーム表示  その表示のみ
On ワイヤーフレーム表示  他の表示に追加
Off ワイヤーフレーム表示  削除
Stick Only スティック表示  その表示のみ
On スティック表示  他の表示に追加
Off スティック表示  削除
Ball and Stick Only ボールスティック表示  その表示のみ
On ボールスティック表示  他の表示に追加
Off ボールスティック表示  削除
Space Filling Only スペースフィル表示  その表示のみ
On スペースフィル表示  他の表示に追加
Off スペースフィル表示  削除
Backbone Only タンパク質のバックボーン表示  その表示のみ
On タンパク質のバックボーン表示  他の表示に追加
Off タンパク質のバックボーン表示  削除
Tube Only タンパク質のチューブ表示  その表示のみ
On タンパク質のチューブ表示  他の表示に追加
Off タンパク質のチューブ表示  削除
Ribbon Only タンパク質のリボン表示  その表示のみ
On タンパク質のリボン表示  他の表示に追加
Off タンパク質のリボン表示  削除
Cartoon Only タンパク質のカートゥーン表示  その表示のみ
On タンパク質のカートゥーン表示  他の表示に追加
Off タンパク質のカートゥーン表示  削除
H Bond On 水素結合表示  表示する 水素結合の計算は、Preference で距離と角度を変更できます。
Off 水素結合表示  表示を消す
SS Bond On SS 結合表示  表示する。
Off SS 結合表示  表示を消す
Label [Atom name] On ラベル表示  原子名
[Atom id] On ラベル表示  原子 ID
[Atom name] [Atom id] On ラベル表示  原子名 + 原子 ID
[Residue name] [Atom name] On ラベル表示  残基名 + 原子名
[Residue name] [Atom name : Atom id] On ラベル表示  残基名 + 原子名 : 原子 ID
[Residue name : Residue id] [Atom name : Atom id] On ラベル表示  残基名 : 残基番号 + 原子名 : 原子 ID
[Residue name] On ラベル表示  残基名 (タンパク質のみ表示)
[Residue id] On ラベル表示  残基番号 (タンパク質のみ表示)
[Residue name] [Residue id] On ラベル表示  残基名 + 残基番号 (タンパク質のみ表示)
Off ラベル表示  表示を消す
Surface (EDTSurf) Outer and Inner EDTSurf による分子表面表示 外側と Cavity を表示
Inner (Cavity) EDTSurf による分子表面表示  Cavity だけ表示
Selected only EDTSurf による分子表面表示  選択した原子だけ表示
Surface (eF-site) PDBj eF-site による正確な静電ポテンシャルの分子表面表示
Hide All Surface すべての分子表面表示を消す
Show All 表示を消された (Hide) すべての分子を再表示
Hide Not Selected 選択した原子以外のすべての原子の表示を消す
Hide Selected 選択した原子の表示を消す
Hide all H atoms 系のすべての水素原子を非表示にする。
Show all H atoms 系のすべての(非表示にした)水素原子を表示する。
Save Image 表示中の画面の、1原子に至るすべての表示設定を保存する。その履歴に保存するので、UNDO、REDOしたときに表示を完全に再現する。

Color

3D表示操作

3D表示 / ツリー表示 / Selectメニュー で、選択した対象について実行されます。

コマンド 機能
Atoms Cpk Atoms に対し、CPK表示(原子種別に色分けして表示)
Structure Atoms に対し、構造表示(2次構造によって色分けして表示)
Chain Atoms に対し、チェイン毎に色を変えて表示(異なる分子間でも色分け可能)
Residue Atoms に対し、残基表示(アミノ酸種別に色分けして表示)
Charge Atoms に対し、電荷表示(原子の電荷が正であるほど青く、負であるほど赤くなるよう段階的に変色させて表示)
B-Factor Atoms に対し、温度表示(各原子の温度因子に従い、高い値ほど赤く低い値ほど青くなるよう段階的に変色させて表示)
Shapely Atoms に対し、シェイプリー表示(均整配色:アミノ酸や核酸の性質によって色分けして表示)
Group Atoms に対し、グループ表示(各鎖をN末端側(核酸の場合は5´末端側)に向かうほど赤く、C末端側(核酸の場合は3´末端側)に向かうほど青くなるように段階的に変色させて表示)
Any Atoms に対し、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする
Bonds Any Bonds に対し、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする
None Bonds に対し、上記で設定した色指定を解除する
Backbone Any Backbone に対し、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする
None Backbone に対し、上記で設定した色指定を解除する
Tube / Ribbon / Cartoon Structure Tube / Ribbon / Cartoon に対し、構造表示(2次構造によって色分けして表示)
Residue Tube / Ribbon / Cartoon に対し、残基表示(アミノ酸種別に色分けして表示)
Shapely Tube / Ribbon / Cartoon に対し、シェイプリー表示(均整配色:アミノ酸や核酸の性質によって色分けして表示)
Group Tube / Ribbon / Cartoon に対し、グループ表示(各鎖をN末端側(核酸の場合は5´末端側)に向かうほど赤く、C末端側(核酸の場合は3´末端側)に向かうほど青くなるように段階的に変色させて表示)
Any Tube / Ribbon / Cartoon に対し、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする
None Tube / Ribbon / Cartoon に対し、上記で設定した色指定を解除する
H Bond Any H Bond に対し、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする
None H Bond に対し、上記で設定した色指定を解除する
SS Bond Any SS Bond に対し、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする
None SS Bond に対し、上記で設定した色指定を解除する
All Surface Any すべての分子表面に対し、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする
Each Polygon すべての分子表面に対し、分子ごとに色分けする
Reset すべての分子表面に対し、上記で設定した色指定を解除する
Transparency すべての分子表面に対し、透明度を設定して再表示する
Background White 背景色を白にする
Black 背景色を黒にする
Any 背景色を、カラー選択ダイアログで、ユーザが選択した任意の色にする

Option

3D表示操作

コマンド 機能
Axis 座標軸を表示する。Red, Green, Blue の棒で、x, y, z 軸を表示する。
Center 選択した原子集団の中心(平均座標)を画面中心にし、そこを拡大縮小表示・併進/回転の中心にする。
Orient 選択した原子集団の中心(平均座標)を画面の拡大縮小表示・併進/回転の中心にする。
Reset リセット表示。系全体の回転中心を表示の中心に移動する。
Z clip スラブ表示。画像を z 軸(奥行き方向)に垂直な平面で切断する機能( z クリッピングプレーン機能)を ON / OFF する。マウスのホイール回転で拡大・縮小の微調整が可能。
Projection 投影モードを、perspective (透視投影)または parallel (平行投影)に切り替えます。デフォルトは、perspective です。
Stereo 表示を色分け(アナグリフ)立体視表示に変更するか、ステレオ表示をOffにします。左目用に赤、右目用にシアン(水色)のセロファンを使用した 「赤青メガネ」を用意することで、立体視することができます。

Expert

分子編集 / 構造最適化 / MD計算 / ポケット探索 / ドッキング計算

3D表示 / ツリー表示 / Selectメニュー で、マウスで選択した対象について実行されます。

コマンド 機能
Copy 分子をコピーする
Insert from File pdb / mol2 / sdf / mol ファイルを入力して、マウスで選択した位置 [mouse]、または、入力ファイルの座標値 [file]で、新規分子として系に加える
Add Remote Compound Pubchem, DrugBank, KEGG DRUG / LigandBox の分子 ID を入力して、インターネットから分子を入力する。DrugBank は2次元構造のみ、その他は2次元と3次元構造の入力可能
Add Fragment Phenyl / Carboxyl / Ethyl / Cyclohexyl / Cyclopentyl 構造を系に追加する。マウスで選択した位置 [mouse]、または、入力ファイルの座標値 [file]で、新規分子として系に加える
Delete Molecule 分子を削除する
Cap with ACE and NME タンパク質の N/C 末端処理を行う
Create S-S Bond タンパク質の S-S 結合を生成する
Break S-S Bond タンパク質の S-S 結合を削除する
Delete Residue without Calpha タンパク質の主鎖原子が欠損している残基を削除する
Mutate Residue タンパク質の残基を変更する
Add Hydrogens 分子の欠如した水素原子を付加する。同時に化合物は Gasteiger 法で電荷を付加し、それ以外は使用する力場で電荷を付加する。
Delete Hydrogens 分子の水素原子を削除する
Partical Charge 化合物の電荷計算を Gasteiger または MOPAC7 AM1 / PM3 / AM1-BCC で行う
Clean Geometry 化合物の構造最適化計算を行う、マウスで選択した複数原子の位置固定など、3つの計算モードが可能
Delete マウスで選択した複数原子を削除する
Move マウスで選択した複数原子の回転・平行移動を行う
Extract Element 化合物の、直鎖/環から、構造を維持したまま原子を1個削除する
Connect Fragment 化合物の水素原子を、Metyl / Phenyl / Carboxyl / Ethyl / Cyclohexyl / Cyclopentyl 構造に置換する
Change Element 化合物の原子を、C / H / O / N / P / S / F / Cl / Br / I  に置換する
Insert Element 化合物の、直鎖/環に、構造を維持したまま C / O / N / P / S 原子を1個付加する
Torsion 化合物の結合を回転する
Change Bond Order 化合物の結合(1重、2重、3重)を変更する。分子内の重原子間に結合を生成する。分子間の重原子間に結合を生成する(2分子の結合)。
Delete Bond 化合物の結合を削除する
Solvate 系全体または一部を、球または直方体の水分子で覆う、イオン(Na / Cl) を付加する
Global Minimize 系全体の構造最適化計算を行う、マウスで選択した任意の複数原子や、タンパク質主鎖の位置拘束が可能
Global Dynamics 系全体の MD 計算を行う、マウスで選択した任意の複数原子や、タンパク質主鎖の位置拘束が可能
delta G 手動ドッキング(リガンドの位置をユーザが微調整した後に構造最適化、結合自由エネルギーΔGで評価)
Make Pocket 1.ポケット中心と半径をユーザが選択する、2.正解のわかっているリガンド分子をポケットとする、の2通りのいずれかでポケットを生成する。
Find Pocket ポケット探索する
ポケット探索は、MolDesk Basic は、高速だが簡易(低精度)な手法のみ。
MolDesk Screening は、Molsite による高精度で計算時間のかかる手法も実装。
Select Receptor Molecule 受容体の分子の選択を決定する (ドッキング計算やスクリーニング計算では、受容体分子の厳密な選択が必要です。)
Docking マウスで選択した化合物と、レセプター側としてタンパク質を含む任意分子を対象に、Docking 計算。
ドッキング計算で使うリガンド分子の外部ファイル入力
・多数の sdf/mol/mol2 ファイルを一括で指定可
・一括で、3次元化 + 電荷付加も可
Docking NMR 溶液 NMR の化合物のシグナル(水素原子のスピン緩和時間)の実験データを入力して、タンパク質 – 化合物複合体構造を予測

Simple

自動計算 : 構造最適化 / MD計算 / ポケット探索 / ドッキング計算

ボタン一つで、全系の Clean Geometry や MD計算 を、水溶媒あり・なしで 実行します。数回の mouse クリック で、ほぼ全自動で計算します。また、タンパク質の ポケット探索を行って、ドッキング計算を自動的に実行します。

コマンド 機能
Auto Minimize 全系の Clean Geometry を自動的に実行する
Auto Solvate and Minimize 全系の Clean Geometry を、水溶媒ありで自動的に実行する
Auto Dynamics 全系の MD 計算を自動的に実行する
Auto Solvate and Dynamics 全系の MD 計算を、水溶媒ありで自動的に実行する
Auto Docking タンパク質のポケット探索を行って、ドッキング計算を自動的に実行する。

※ ポケット探索は、MolDesk Basic は、高速だが簡易(低精度)な手法のみ。
MolDesk Screening は、Molsite による高精度な手法も実装。

Preparation

コマンド 機能
Convert to 3D Mol2 多数の sdf/mol/mol2ファイルを、AMBER GAFF2 力場で構造最適化し3次元化して、MOPAC7 AM1で電荷を付加して、多数の Mol2 ファイルと、それらをすべてマージした multi Mol2 ファイルに変換。数百万化合物の sdf ファイル入力も可能。

Window

MolDesk を構成する各画面の生成

コマンド 機能
Show All View すべての画面を表示 (MolGate以外)
Tree View ツリー表示画面を再表示
Command View コマンド画面を再表示
Console コンソール(標準出力)画面を再表示
jV Console jV コマンド入力・出力画面を再表示
Warning Console 警告メッセージリスト画面を再表示
MD Analysis MD Analysis 画面(動画コントローラ、トラジェクトリ解析)を再表示
Ligand Info 系の化合物リスト画面(2D化学構造、合成容易性)を再表示
Docking Info ドッキング計算結果の化合物リスト画面(2D化学構造、合成容易性、ΔG、ドッキングスコア、RMSD)を再表示
MolGate BY-HEX LLP の MolGate のアクセス画面を再表示 (現在使用できない)

Undo

履歴の操作 / 計算停止

コマンド 機能
Undo 履歴を戻す
Redo 履歴を進める
Stop 実行中のタスクをストップする
Undo Selection マウス選択を戻す

Help

各種 Preference 設定 / ライセンス認証

コマンド 機能
Preference 各種 preference を設定する
Manual and FAQ マニュアルとFAQを表示する
About Software Copyright とバージョンについて表示する (使用している myPresto の各プログラムのバージョン情報も含む)
Activate License ライセンスを認証する

 

試用版はお気軽にお問い合わせ下さい (Please feel free to request a trial version)

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