3woq

PDB 3woq P4-L9-M4-W(タンパク質4、化合物9、金属4、結晶水)
Crystal structure of the DAP BII hexapeptide complex III
ヘキサペプチドが結合したファミリーS46ペプチダーゼDAP BII

1.P4すべてのタンパク質の末端処理 OK
2.P4すべてのタンパク質のS-S結合付加 OK
3.金属以外のすべての分子の水素原子付加 OK
4.系全体のエネルギー極小化計算、分子動力学計算 OK

PDB ファイルの残基番号保存

オリジナルのPDBの残基番号は、MD計算終了後も以下の通り保存しますので、文献に記載されている残基番号との照合が容易にできます(ドッキング計算などすべての計算後も残基番号は保存します)。

オリジナルPDB (残基番号25 GLY からA鎖が始まっている)

ATOM  1 N   GLY A 25 60.749 48.439 35.937 1.00 16.93 N 
ATOM  2 CA  GLY A 25 59.467 48.745 35.257 1.00 18.09 C 
ATOM  3 C   GLY A 25 59.224 47.797 34.068 1.00 16.45 C 
ATOM  4 O   GLY A 25 59.866 46.737 33.955 1.00 18.17 O 
ATOM  5 N   GLU A 26 58.257 48.142 33.237 1.00 16.97 N 
ATOM  6 CA  GLU A 26 57.814 47.301 32.192 1.00 16.49 C 
ATOM  7 C   GLU A 26 58.933 46.996 31.206 1.00 16.83 C 
ATOM  8 O   GLU A 26 59.711 47.893 30.832 1.00 15.75 O 
ATOM  9 CB  GLU A 26 56.719 48.022 31.431 1.00 19.22 C 
ATOM 10 CG  GLU A 26 56.096 47.295 30.239 1.00 19.84 C 
ATOM 11 CD  GLU A 26 54.944 48.024 29.589 1.00 20.84 C 
ATOM 12 OE1 GLU A 26 54.467 49.044 30.107 1.00 20.18 O 
ATOM 13 OE2 GLU A 26 54.442 47.533 28.566 1.00 20.72 O 
ATOM 14 N   GLY A 27 58.885 45.788 30.657 1.00 16.54 N 
ATOM 15 CA  GLY A 27 59.630 45.454 29.479 1.00 16.08 C 
ATOM 16 C   GLY A 27 60.491 44.212 29.583 1.00 15.57 C 
ATOM 17 O   GLY A 27 61.290 44.098 30.473 1.00 13.82 O
・・・
MolDesk (末端処理で加えたACEを、残基番号24でA鎖の先頭に加えている。残基番号25 GLY 以降は、オリジナルPDBと同じ残基番号)
3woq002