4phu

PDB 4phu P1-L8-W(タンパク質1、化合物8、結晶水)
Crystal structure of Human GPR40 bound to allosteric agonist TAK-875

1.タンパク質の末端処理 OK
2.タンパク質の S-S 結合付加 OK。
3.すべての分子の水素原子付加 OK
4.系全体のエネルギー極小化計算、分子動力学計算 OK。ただし、分割したチェイン間に S-S 結合があり、チェイン間の S-S 結合は無視してMD計算しない。このため、評価を fair にした。