In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

Basic / Screening 機能比較一覧

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MolDesk Basic と MolDesk Screening の2つの製品があります。

主な機能は以下の通りです。

機能 MolDesk Basic MolDesk Screening
入力ファイル pdb mol2 sdf mol SMILES
mol2 / SMILES は multi (多数の構造式を一纏め) も可
インターネット経由による PDB / 化合物ファイルの入力
タンパク質の編集 欠損した H 原子付加、不要な部分の削除、末端処理、40 種類のアミノ酸変換など
化合物の編集 化合物の新規作成や 2D/3D 編集、MOPAC7 AM1-BCC 電荷生成など
多数の sdf / mol / mol2 / SMILES ファイルを3次元化して mol2 ファイルに変換  (逐次計算)
多数の sdf / mol / mol2 / SMILES ファイルを3次元化して mol2 ファイルに変換  (並列計算による高速化)
(株)京都コンステラ・テクノロジーズの ReCGen による新規化合物生成
構造最適化、MD計算 分子の構造最適化、MD 計算、水溶媒・中和イオンの付加など
トラジェクトリの動画と アニメーション GIF 保存、各種エネルギー、温度、距離、角度、2面角、RMSD の時間変化グラフ。トラジェクトリは、DCD ( MARBLE, CHARMM, NAMD etc. ), GROMACS, AMBER (netcdf 形式のみ) も読み込み可。
GROMACS のほぼすべての種類のトラジェクトリ解析データファイルを動画と時間同期してグラフ表示
MPI / CUDA (NVIDIA GPU) による高速な並列計算
周期的境界条件のとき 20 万原子まで ( Basic は 10 万原子まで)

(mac 版は動作しない)
タンパク質-化合物ドッキング タンパク質のポケット指定、ドッキング計算、ドッキング結果の表示など
ドッキング計算で使うリガンド分子の外部ファイル入力
・多数の sdf / mol / mol2 / SMILES ファイルを一括で指定可(3 次元化 + 電荷付加 + conformer 生成も可)
溶液 NMR の化合物のシグナル(水素原子のスピン緩和時間)の実験データを入力して、タンパク質 – 化合物複合体構造を予測
手動ドッキング (リガンドの位置をユーザが微調整した後に構造最適化、結合自由エネルギー ΔG)
タンパク質のリガンド結合ポケット探索 高速・簡易
高精度( MolSite による並列計算 )
薬剤スクリーニング ドッキングスコア順、MTS (Multiple Target Screening) 法、機械学習MTS法、
機械学習 DSI (Docking Score Index) 法、( DSI 法はターゲットタンパク質不要 )
並列計算)
AUC 曲線による精度解析
ランク順にリスト表示( 2D 化学構造と各種特性値) CSV ファイル出力 / HTML ファイル出力( 2D 化学式画像を含む)
ユーザ入力の sdf ファイルの化合物を、スクリーニング対象にするためデータベース化 (並列計算による高速化)
化合物の各種特性値計算 合成容易性
Docking score QSAR による活性値予測
MVO Screening による類似化合物検索
部分構造検索
類似構造検索

 

試用版はお気軽にお問い合わせ下さい (Please feel free to request a trial version)

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