MolDesk Series

MolDesk (モルデスク)は、インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計)・パッケージ・ソフトウェアです。計算エンジンとして、myPresto を使っています。MolDesk Basic と MolDesk Screening の2つの製品があります。

販売実績

日本大学、NIH (National Institutes of Health)、慶応義塾大学、関西医科大学、近畿大学、立命館大学、明治薬科大学、国立環境研究所、広島市立大学、千葉工業大学、国立感染症研究所、電気通信大学、東京工業大学、北海道大学、産業技術総合研究所、民間企業複数社

MolDesk Screening ver.1.1.77  インシリコ スクリーニング 活性予測 ポケット探索 

創薬向けに抽出した200万化合物ライブラリ(LigandBox 最新版をご提供)に対して、スレッド並列で高速にスクリーニングを行います。通常のPCでも、最大2日程度で高速に精度良くスクリーニング計算します(200万化合物の場合)。MolDesk Screening は、MolDesk Basic のすべての機能を含みます。

ver.1.1.71 回帰分析による化合物の各種物性特性値の予測が可能になりました。予測できる特性値は、LogP, LogS, LogD, Papp(膜透過係数), pKa などですが、ChEMBL から得られた実験データを使用して学習することが可能です。

ver.1.1.70 膜貫通タンパク質を水溶液中の脂質2重膜に配置する MD 計算系を作成する機能で、6種類の脂質分子(DLPC, DMPC, DPPC, POPC, DOPC, POPE)を組成比で構成できるようになりました。MD 計算は、MolDesk Screening で動作する psygene で高速に実行できます。(系の作成は、MolDesk Basic、myPresto Portal でも可能です。)

ver.1.1.45 から docking score QSAR による化合物の活性値予測を実装しました。ChEMBL から得られた親和性(実験)データを使用して、特定タンパク質に対する化合物の活性値を予測します。

ver.1.1.39 から MVO Screening ( Maximum volume overlap method ) による類似構造探索を実装しました。

ver.1.1.19 から ユーザが用意したインハウス化合物ライブラリ(2次元 SDF 形式、数百~数百万分子)をスクリーニング対象とすることができます。

ver.1.1.18 から スクリーニング結果リストのクリックで3次元ドッキングポーズの表示が可能になりました。

MolDesk Basic ver.1.1.77  なんでもMD どこでもドッキング

MolDesk Basic マニュアルはこちらで公開しています。
通常、PDB や mmCIF などを入力したときに、各分子の力場の割り当てや、H原子の付加、MOPAC7 AM1-BCC による電荷付加、水溶媒の生成 などは非常に手間がかかります。数回のクリックで、力場 (AMBER ff99SB / AMBER GAFF2) を割り当てて、分子動力学計算とドッキング計算をシームレスに実行できます。中分子の化合物の AMBER GAFF2 による計算も簡単にできます。

ver.1.1.66 から 数万個の分子を含む sdf / mol2 ファイルなどを高速に表示するビュアー機能を追加しました。

ver.1.1.62 から mmCIF ファイル(PDBx/mmCIF フォーマット)の入出力ができるようになりました。インターネット経由で入力するファイルは、これまでは PDB ファイルでしたが、今後は mmCIF ファイルベースになります。
2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になることに対する対応です。

ver.1.1.39 から GROMACS のほぼすべてのトラジェクトリ解析結果の表示が、動画と連動して可能になりました。

ver.1.1.29 から 化合物の編集で、2Dエディター ( JChemPaint の最新版 ) が使用できるようになりました。2Dで編集した化合物は、ワンクリックで、3次元化して MolDesk に取り込めます。

ver.1.1.24 から myPresto (cosgene, psygene etc.) / DCD (CafeMol, MARBLE, CHARMM, NAMD etc.) / GROMACS / AMBER (netcdf 形式のみ) のトラジェクトリの動画や アニメーション GIF (animated GIF)ファイル出力が可能になりました。

ver.1.1.21 から PDB 入力の各分子鎖について、PDBj eF-site の正確な静電ポテンシャル面が表示できるようになりました。