In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

MolDesk Series

MolDesk (モルデスク)は、インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計)・パッケージ・ソフトウェアです。計算エンジンとして、myPresto(※)を使っています。MolDesk Basic と MolDesk Screening の2つの製品があります(機能の比較表)。

myPresto とは、AMED・ 経済産業省・NEDOの支援によって産業技術総合研究所・JBIC・大阪大学蛋白質研究所等によって開発された次世代天然物化学技術研究組合のソフトウェアです。最新版のソースコードはこちら (myPresto version 5 Download) からダウンロードできます。

※ 弊社は、AMED の「ITを活用した革新的医薬品創出基盤技術開発」に平成25年度から参加して、myPresto の開発を継続しており、MolDesk を通して研究成果・技術の普及に努めております。

※ 最近では MolDesk Screening による化合物インシリコスクリーニング計算サービスを大学などの研究機関向けに実施して、ヒット化合物の探索成功の成果も得ています。

(株)バイオモデリングリサーチ様のたくさんのチュートリアル(日本語と英語)で、MolDesk のわかりやすい使い方が解説されています。

※ myPresto および MolDesk は、北海道大学、神戸大学などの講義で使用されており、このときの内容は
計算創薬化学の講義資料」 「ドッキングソフトの原理と実際」にあります。また、計算原理の説明は、共立出版
タンパク質計算科学 基礎と創薬への応用 [CD-ROM付]」神谷 成敏, 肥後 順一, 福西 快文, 中村 春木 (著) に詳しいです。

MolDesk Screening ver.1.1.69  インシリコ スクリーニング 活性予測 ポケット探索 

創薬向けに抽出した200万化合物ライブラリに対して、スレッド並列で高速にスクリーニングを行います。通常のPCでも、最大2日程度で高速に精度良くスクリーニング計算します(200万化合物の場合)。MolDesk Screening は、MolDesk Basic のすべての機能を含みます。

ver.1.1.67 から、膜貫通タンパク質を水溶液中の脂質2重膜(DLPC, DMPC, DPPC, POPC, DOPC, POPEのいずれかを選択可)に配置する MD 計算系を作成する機能を実装しました。MD 計算は、MolDesk Screening で動作する psygene で高速に実行できます。(系の作成は、MolDesk Basic、myPresto Portal でも可能です。)

ver.1.1.45 から docking score QSAR による化合物の活性値予測を実装しました。ChEMBL から得られた親和性(実験)データを使用して、特定タンパク質に対する化合物の活性値を予測します。

ver.1.1.39 から MVO Screening ( Maximum volume overlap method ) による類似構造探索を実装しました。

ver.1.1.19 から ユーザが用意したインハウス化合物ライブラリ(2次元 SDF 形式、数百~数百万分子)をスクリーニング対象とすることができます。

ver.1.1.18 から スクリーニング結果リストのクリックで3次元ドッキングポーズの表示が可能になりました。

 MolDesk Screening バージョンアップ履歴

MolDesk Basic ver.1.1.69  なんでもMD どこでもドッキング

通常、PDB や mmCIF などを入力したときに、各分子の力場の割り当てや、H原子の付加、MOPAC7 AM1-BCC による電荷付加、水溶媒の生成 などは非常に手間がかかります。数回のクリックで、力場 (AMBER f99 / AMBER GAFF2) を割り当てて、分子動力学計算とドッキング計算をシームレスに実行できます。中分子の化合物の AMBER GAFF2 による計算も簡単にできます。

ver.1.1.68 から MolDesk Basic マニュアルをこちらで公開しました。

ver.1.1.66 から 数万個の分子を含む sdf / mol2 ファイルなどを高速に表示するビュアー機能を追加しました。

ver.1.1.62 から mmCIF ファイル(PDBx/mmCIF フォーマット)の入出力ができるようになりました。インターネット経由で入力するファイルは、これまでは PDB ファイルでしたが、今後は mmCIF ファイルベースになります。
2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になることに対する対応です。

ver.1.1.39 から GROMACS のほぼすべてのトラジェクトリ解析結果の表示が、動画と連動して可能になりました。また、ReCGen (新規化合物生成)のインターフェースを実装しました。

ver.1.1.29 から 化合物の編集で、2Dエディター ( JChemPaint の最新版 ) が使用できるようになりました。2Dで編集した化合物は、ワンクリックで、3次元化して MolDesk に取り込めます。

ver.1.1.24 から myPresto (cosgene, psygene etc.) / DCD (CafeMol, MARBLE, CHARMM, NAMD etc.) / GROMACS / AMBER (netcdf 形式のみ) のトラジェクトリの動画や アニメーション GIF (animated GIF)ファイル出力が可能になりました。

ver.1.1.21 から PDB 入力の各分子鎖について、PDBj eF-site の正確な静電ポテンシャル面が表示できるようになりました。

MolDesk Basic バージョンアップ履歴

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