In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

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MolDesk Basic バージョンアップ履歴

MolDesk Basic version 1.1.68 リリース

機能追加 MolDesk Basic マニュアルをこちらで公開。 MolDesk Basic マニュアルの改訂(「膜タンパク質系の作成」において電荷付加計算の方法を追加)。

MolDesk Basic version 1.1.67 リリース

機能追加 [Preparation] – [Build Membrane] メニューと、[Preparation] – [Solvate Membrane] メニューの追加。膜貫通タンパク質を入力 …

MolDesk Basic version 1.1.66 リリース

機能追加 [File] – [Open Molecular File as list (Numerous molecules)] メニューの追加。1万個以上の分子を含む sdf / mol2 / pdb ファ …

MolDesk Basic version 1.1.65 リリース

バグ修正 SS結合に関与しないCYS残基が存在するタンパク質を入力する時にエラーになるバグ修正(このバグは、ver.1.1.63から存在した)。

MolDesk Basic version 1.1.64 リリース

機能追加 トラジェクトリ解析の各種グラフに、[Export]-[CSV] メニューを追加して、表示データを csv ファイルに出力可能にした。 Linux版において、最新の Ubuntu (10.04LTS) で発生する …

MolDesk Basic version 1.1.63 リリース

機能追加 Linux 版の MD 計算のトラジェクトリ解析グラフが、CentOS7 で表示しない現象を修正。 タンパク質入力時に、デフォルトで S-S 結合を生成するようにした。(以前は、S-S 結合生成のためには [C …

MolDesk Basic version 1.1.62 リリース

機能追加 mmCIF ファイル(PDBx/mmCIF フォーマット)の入出力機能の追加。 それに伴い、[Open Remote PDB]メニューを、[Open Remote mmCIF / PDB]メニューに変更。 [I …

MolDesk Basic version 1.1.61 リリース

機能追加 [Window] – [Reset All View] メニューの追加。すべてのウィンドウを再起動して初期表示に戻す機能。 バグ修正 [Connect Fragment] でキャンセルしたときに、メ …

MolDesk Basic version 1.1.60 リリース

機能追加 Status bar の表示幅のサイズを大きくした。 起動時の最大メモリ量を 120 GB に変更した。MD 計算の巨大なトラジェクトリを動画表示する際のメモリ不足エラーが出にくくなった。 バグ修正 外部プログ …

MolDesk Basic version 1.1.58 リリース

機能追加 化合物リスト全般で、化合物の(各種)特性値を表示するカラムを増やした。 Display – Label によるラベル表示が、直近のボンドや原子に隠れないようにして表示を見やすくした。 Color & …

MolDesk Basic version 1.1.57 リリース

機能追加 インストーラーに jre を内蔵して、ユーザの Java 環境設定がなくとも起動・動作するようにした。 Windows 32bit 版の提供を廃止した。 起動時と、[About Software] 表示時の、I …

MolDesk Basic version 1.1.56 リリース

機能追加 [Move], [Center], [Orient], [Reset], [Zclip], [Fog], [Projection], [Stereo] ボタンをクリックして表示モードを変更したときに、Statu …

MolDesk Basic version 1.1.55 リリース

機能追加 Docking 計算で、多数の化合物を一度にドッキング計算するときに、conformer の生成をするか否か選択可能にした。 Display – Surface – Pocket メニュ …

MolDesk Basic version 1.1.54 リリース

機能追加 画面の右下の TaskBar に、長時間ジョブの実行と終了をリアルタイムに表示するようにして、長時間の計算ジョブを実行しているときに、何の処理を実行中かわかるようにした。 myPresto の split_mo …

MolDesk Basic version 1.1.53 リリース

機能追加 Stop ボタン (実行中のタスクをストップする) を常に表示するようにした。

MolDesk Basic version 1.1.52 リリース

機能追加 化合物ファイルの入力で、SMILES 形式のファイル入力を可能にした。SMILES 形式のファイルは 1 行 1 分子の記述で複数分子の入力も可能。ドッキング計算時のリガンドの入力、化合物の 3 次元化の入力で …

MolDesk Basic version 1.1.51 リリース

機能追加 PDB を入力するときに、NMR 実験由来の PDB で MODEL が多数ある場合に、読み込みが遅くなる現象をなくした。 MD / MIN 計算 (cosgene による) において、多数の水分子がある場合に …

MolDesk Basic version 1.1.50 リリース

機能追加 MD 計算結果の動画表示で、原子をマウスクリックして、表示しているフレームにおいて正しい座標が取得できるようにした。 水素結合で、1 原子から複数の結合が生成されるケースがあったが、最近接の結合を 1 本だけ表 …

MolDesk Basic version 1.1.49 リリース

機能追加 SS 結合と水素結合系の表示を、MD 計算結果の動画の中でも表示できるようにした。 SS 結合は、PDB の SSBOND 行と完全に同期するようにした。 すべての非極性の水素原子の表示を消せるようにした( D …

MolDesk Basic version 1.1.48 リリース

機能追加 系のすべての水素原子の表示を 消す / 再表示する メニュー ( Display – Hide all H atoms / Show all H atoms ) の追加。 ラベル表示に、残基名 / …

MolDesk Basic version 1.1.47 リリース

機能追加 すでにデータがあるディレクトリには、プロジェクトの保存(Save as)ができないようにした。 バグ修正 Solvate で系に既に存在する金属イオンを消してしまうバグ(ver.1.1.45 から存在)修正。 …

MolDesk Basic version 1.1.46 リリース

機能追加 リファクタリング作業実施中、結果的にコマンド実行時に3D表示がより保存される方向に改良された。 バグ修正 ライセンスファイルの日付に誤りがあるときに、ライセンスが無効にならない場合の修正。

MolDesk Basic version 1.1.45 リリース

機能追加 myPresto のすべてのプログラムを、最新版の myPresto ver.5 に更新。 マニュアルの pdf をローカルなファイルへのリンクに変更。 トラジェクトリ解析で動画連動 2D グラフを表示するとき …

MolDesk Basic version 1.1.43 リリース

機能追加 エネルギー極小化計算と、MD 計算のデフォルト設定値の見直し。より安定に計算できる方向に修正した。 3D 表示のための JOGL ライブラリを、最新安定版 (JOGL ver.2.3.2) + 修正パッチ適応に …

MolDesk Basic version 1.1.42 リリース

機能追加 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸を背景色で色分けして表示していたが、文字色の色分けに変更。 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸の色分け表示を MD 計算やドッキング …

MolDesk Basic version 1.1.41 リリース

機能追加 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸を色分けして表示するようにした。20 種類の標準アミノ酸以外の残基は従来通り白で表示して、非標準アミノ酸がどこにあるかを確認しやすくした。 [Select …

MolDesk Basic version 1.1.40 リリース

機能追加   Basic Center ボタンで任意の選択分子・原子を 3D 表示の中心に移動したときに、最適なサイズで 3D 画面に収まるように自動的に拡大・縮小するが、Docking リスト の化合物のドッキングポー …

MolDesk Basic version 1.1.39 リリース

機能追加   Basic [Insert from file] で、point.pdb というファイル名の PDB ファイルを読み込んだときは、ドッキング計算のポイントファイル(ポケットのプローブ点集合)として読み込むよ …

MolDesk Basic version 1.1.38 リリース

バグ修正 Windows において、計算をキャンセルしたときに履歴フォルダが残るバグの修正。

MolDesk Basic version 1.1.37 リリース

機能追加 MD計算のデフォルト設定条件で、SHAKEをOFFにしました。

MolDesk Basic version 1.1.36 リリース

機能追加 MolDesk Basic の Mac版をリリース。 MD計算のデフォルト設定条件を全面的に見直して、より安定で、高精度、高速な条件に変更した。 MolDesk Basic の Mac版の開発・リリースに伴い、 …

MolDesk Basic version 1.1.35 リリース

機能追加 管理者権限でライセンスファイルを使ってライセンス認証した場合は、他のユーザはランセンス認証を行わなくとも良いように変更した。 ライセンスファイルを固定の場所に置く必要がなくなり、バージョンアップ時にライセンス認 …

MolDesk Basic version 1.1.34 リリース

機能追加 ver.1.1.33 に対する機能変更なし。MolDesk Screening の 機能追加によるバージョンアップに伴うバージョンアップ。

MolDesk Basic version 1.1.33 リリース

機能追加 アミノ酸を3文字から4文字表記に拡張した。 Hgene のバージョンアップにより、大部分の化合物の錯体がエラーなく計算できるようなった。ただし、金属原子との結合は、ng (結合がない)で計算する機能のみ現時点で …

MolDesk Basic version 1.1.32 リリース

機能追加 [Preference] – [Molecule] で、化合物の力場を、GAFF ver.2.1 / GAFF ver.1.8 / GAFF ver.1.7 / AMBER parm99 から選択で …

MolDesk Basic version 1.1.31 リリース

機能追加 sievgene_for_dockingpose ver.161210 へバージョンアップ それに伴い About MolDesk のコメント追加 バグ修正 Azure サーバ上で、Windows のルートパス …

MolDesk Basic version 1.1.30 リリース

機能追加 tplgeneX ver.20170321 へバージョンアップ、力場データの更新、HIS系の残基変更GUIの追加 tplgeneL ver.20170321 へバージョンアップ、化合物の力場を GAFF &#8 …

MolDesk Basic version 1.1.29 リリース

機能追加 2Dエディター JChemPaint による化合物の編集が可能になった。Ligand Info 画面の化合物を右クリックして [Edit 2D] メニューを選択すると、その分子を入力にして JChemPaint …

MolDesk Basic version 1.1.28 リリース

機能追加 Console 画面の計算ログの出力を高速化した。 特定の残基名の分子を脂質分子として認識するようにした(近い将来に、膜タンパク質のモデル機能を実装するため)。 Warning Console 画面を新たに設け …

MolDesk Basic version 1.1.27 リリース

機能追加 [Partial Charge] で化合物の電荷を生成する方法に、MOPAC7 AM1-BCC を追加した。 複数のプロジェクトで計算実行中でも、新規プロジェクトの作成を可能にした。 複数のプロジェクトがあると …

MolDesk Basic version 1.1.26 リリース

バグ修正 Windows 64bit および Windows 32bit 版で、[Import Trajectory] メニューで、トラジェクトリファイルの動画を表示できないバグ修正。

MolDesk Basic version 1.1.25 リリース

機能追加 MD 計算において、NPT アンサンブルを選択したときに、詳細設定タブを必ず開いて積分法の変更をする必要があったが、詳細設定タブを開かなくとも NPT アンサンブルで計算できるように、最適な積分法を自動設定する …

MolDesk Basic version 1.1.24 リリース

機能追加 2 次元化合物の 3 次元化において、conformer 生成プログラム confgeneC の計算が終わらないケースがまれに発生するケースがあったので、5 分でタイムアウトしてエラーログ出力するようにした。 …

MolDesk Basic version 1.1.23 リリース

機能追加 MD Analysis 画面に [Save Animation] ボタンを設け、トラジェクトリの動画を、アニメーション GIF (animated GIF/ GIF animation) ファイルに保存できるよ …

MolDesk Basic version 1.1.22 リリース

機能追加 MD 計算後に、トラジェクトリの動画表示。動画は、3D 表示がそのまま動画になり、表示モデルや色の変更が可能、化合物は、2重、3重結合なども表示したまま動画。 MD Analysis 画面を新規に作成して、Mi …

MolDesk Basic version 1.1.21 リリース

機能追加 PDB 入力の各分子鎖について、PDBj eF-site の正確な静電ポテンシャル面が表示できるようになりました。 分子表面表示で、タンパク質内の Cavity だけの表示を可能にしました。 分子表面表示のデフ …

MolDesk Basic version 1.1.20 リリース

機能追加 [Axis] ボタンを追加して、3D表示で座標軸を表示できるようにしました。Red, Green, Blue の色で、それぞれ、x, y, z 方向の座標軸を表示します。

MolDesk Basic version 1.1.19 リリース

機能追加 ドッキング計算結果は、Docking Info 画面でリスト表示するように、GUI を整理した。 Docking Info のリストの化合物は、右クリックメニューで簡単に系に追加できるようにした。(系に追加する …

MolDesk Basic version 1.1.18 リリース

機能追加 NMR実験データによるドッキング計算 [Docking NMR] において、[Show Customize Tabs] ボタンを設けて、ドッキング計算プログラム sievgene_NMR のほぼ全部のパラメタ― …

MolDesk Basic version 1.1.17 リリース

機能追加 myPresto プログラム群の中で重要な力場生成プログラム tplgene を、最新版の tplgeneX に変更。 tplgeneX 実装により、核酸分子の計算が可能となった。 tplgeneX 実装により …

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