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製品名 機能 ライセンス 価格
MolDesk Basic タンパク質・化合物2D/3D編集 /ドッキング計算 / 構造最適化 / MD計算 / 簡易ポケット探索 / 合成容易性 永年 + 1年保守 お問い合わせください
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2年目以降の保守については別途契約が必要です。保守にはバージョンアップ、不具合対応が含まれます。 お問い合わせください
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/ 薬剤スクリーニング / 高精度ポケット探索 / 活性予測 / 部分・類似構造検索
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1年経過後の使用は契約の更新が必要です。

動作環境  [Basic][Screening]

OS Windows 11 / 10 / 8.1 / 8 / 7 / Vista  64bit
Windows Server 2012 R2 (AWS / さくらVPS)  64bit
Linux 64bit
macOS 10.11 以上 (Ventura 13.0では動作しません)
  • Java ソフトウェアですが、実行に必要な Java 環境を同封しているので、ユーザによる Java のインストールは不要です。
  • いずれの OS でも、32 bit では動作しませんのでご注意ください。64 bit のみで動作します。
  • 詳細なインストール方法は、こちら(日本語) (英語) をご覧ください。
  • クラウド(Azure / AWS / さくらの VPS)で動かすこともできます。詳細はこちらをご覧ください。

動作環境 オプショナル  [Screening]

  • MolDesk Screening で、MPI / GPU (NVIDIA CUDA) による 高速な MD 並列計算を実行するときに必要な環境は以下の通りです。(なくても MD 計算はできます。macOS は MPI / GPU による並列 MD 計算はできません。)スクリーニング計算はスレッド並列なので、以下の環境がなくとも並列計算できます。
MPI 実行環境 Windows : MS-MPI
Linux : openmpi または mpich2 / mpich3
CUDA 実行環境 NVIDIA GPUボードと、そのグラフィックドライバがインストールされていること
※ MPI と CUDA 実行環境のインストール方法はこちらをご覧ください。

スクリーニング計算の注意事項  [Screening]

  1. Window 32bit では動作しません。スクリーニング計算を実行したいときは、Windows 64bit、Linux 64bit、または、macOS のなるべくスペックの良いマシンをご用意ください。
  2. 1回あたりの200万化合物のスクリーニング計算で、約5GB 記憶媒体を消費します。
  3. スクリーニング計算時に必要なメモリ量は、例えば、8並列で動作させる場合は、16 GBメモリです。48 並列の場合は、32 GBメモリ量が必要です。初期の並列数は、自動的に最大プロセッサ数になっていますが、メモリ量が少ないマシンでは、ユーザが並列数を減らして実行する必要があります。スクリーニング計算の並列数は、Preferenceの設定で簡単に変更できます。
  4. LigandBox をスクリーニング対象とする場合は、LigandBox をインストール先のマシンにユーザがコピーする必要があります。LigandBox とは、スクリーニング対象の 200 万個の低分子化合物データベースのことで、最新版の LigandBox をご提供いたします。

カスタマイズ

ご要望がございましたら、カスタマイズにも対応できます。

販売実績

民間企業複数社、崇城大学、岐阜大学、京都大学、大分大学、日本大学、NIH (National Institutes of Health)、慶応義塾大学、関西医科大学、近畿大学、立命館大学、明治薬科大学、国立環境研究所、広島市立大学、千葉工業大学、国立感染症研究所、電気通信大学、東京工業大学、北海道大学、産業技術総合研究所