機能 MolDesk Basic MolDesk Screening
入力ファイル mmCIF・PDB・MOL2・MOL/SDF・SMILES 形式
MOL2・SMILES 形式は（複数の構造式を含む）multi-file に対応
インターネット経由による ｍｍCIF (PDB) /化合物ファイルの入力		 ○ ○
蛋白質の編集 脂質2重膜中の膜タンパク質の系作成 ○ ○
MD 計算等の準備として H 原子付加・不要な部分の削除・末端処理など ○ ○
エピゲノム修飾に使える 40 種類のアミノ酸変換 ○ ○
化合物の編集 化合物の編集・RESP / AM1-BCC 電荷割当 ○ ○
2D エディター（JChemPaint）、2D 構造式と合成容易性のリスト表示 ○ ○
SMILES および 2D 構造式（MOL/SDF 形式）からの立体構造構築（MOL2 形式で出力）並列処理 ○ ○
構造最適化、MD 計算 蛋白質/化合物の構造最適化、MD 計算、水溶媒/中和イオンの付加、トラジェクトリ動画、各種エネルギー・温度・距離・角度・2 面角・RMSD の時系列グラフ ○ ○
トラジェクトリは、DCD ( CafeMol, MARBLE, CHARMM, NAMD etc. ), GROMACS, AMBER (netcdf 形式のみ) も読み込み可。GROMACS のほぼすべての種類のトラジェクトリ解析データファイルを動画と時間同期してグラフ表示。アニメーション GIF 保存。 ○ ○
GROMACS による高速な並列計算
(Windows 11 および Windows 10 では GROMACS のインストールは不要。Linux版とMAC版はユーザによる GROMACS のインストールが必要)		 ○ ○
myPresto の MD プログラム cosgene, psygene での
MPI/GPU (NVIDIA CUDA) による高速な並列計算		 ○
(mac 版は動作せず)
蛋白質－化合物ドッキング 蛋白質/核酸分子のポケット指定・ドッキング計算・溶液 NMR 実験シグナル（DIRECTION 法）によるドッキングポーズ補正 ○ ○
リガンド分子の外部ファイル入力: SDF/MOL/MOL2/SMILES 形式ファイルを一括指定可（3D 化 + 電荷割当 + conformer 生成も可） ○ ○
手動ドッキング （リガンド位置をユーザが微調整した後、構造最適化・結合自由エネルギー ΔG 計算) ○ ○
ポケット探索 簡易版（幾何学的な手法による探索） ○ ○
高精度版（ MolSite 法による探索、並列計算 ) ○ ○
バーチャルスクリーニング SBDS（ターゲット蛋白質が必要）： MTS 法、機械学習 MTS 法
LBDS（ターゲット蛋白質が不要）： 機械学習 DSI 法
（全て並列計算)		 ○
リランキング順にリスト表示（2D 構造式および特性値）、ドッキングポーズ表示、CVS/HTMLファイル（2D構造式画像を含む）出力 ○
Database enrichment curve による精度解析 ○
インハウス化合物ライブラリ（2D 構造式、MOL/SDF 形式）取り込み機能 (立体構造構築、並列計算) ○
化合物の各種特性値計算 合成容易性 ○ ○
Docking score QSAR 法による活性予測（ChEMBL データ利用、並列計算） ○
回帰分析による各種物性特性値の予測（ChEMBL データ利用、並列計算） ○
類似・部分構造検索 MVO Screening 法 による類似構造検索（並列計算） ○
Topology Graph Similarity による類似構造検索、部分構造検索 ○