In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

Basic / Screening 機能比較一覧

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MolDesk Basic と MolDesk Screening の2つの製品があります。

主な機能は以下の通りです。

機能 MolDesk Basic MolDesk Screening
入力ファイル mmCIF・PDB・MOL2・MOL/SDF・SMILES 形式
MOL2・SMILES 形式は(複数の構造式を含む)multi-file に対応
インターネット経由による mmCIF (PDB) /化合物ファイルの入力
蛋白質の編集 脂質2重膜中の膜タンパク質の系作成
MD 計算等の準備として H 原子付加・不要な部分の削除・末端処理など
エピゲノム修飾に使える 40 種類のアミノ酸変換
化合物の編集 化合物の新規作成(ReCGeN)・既存分子の編集・AM1-BCC / MOPAC7 電荷割当
2D エディター(JChemPaint)、2D 構造式と合成容易性のリスト表示
SMILES および 2D 構造式(MOL/SDF 形式)からの立体構造構築(MOL2 形式で出力)
逐次計算

並列計算
構造最適化、MD 計算 蛋白質/化合物の構造最適化、MD 計算、水溶媒/中和イオンの付加、トラジェクトリ動画、各種エネルギー・温度・距離・角度・2 面角・RMSD の時系列グラフ
トラジェクトリは、DCD ( CafeMol, MARBLE, CHARMM, NAMD etc. ), GROMACS, AMBER (netcdf 形式のみ) も読み込み可。GROMACS のほぼすべての種類のトラジェクトリ解析データファイルを動画と時間同期してグラフ表示。アニメーション GIF 保存。
MPI/GPU (NVIDIA CUDA) による高速な並列計算
(mac 版は動作せず)
蛋白質-化合物ドッキング 蛋白質のポケット指定・ドッキング計算・溶液 NMR 実験シグナル(DIRECTION 法)によるドッキングポーズ補正
リガンド分子の外部ファイル入力: SDF/MOL/MOL2/SMILES 形式ファイルを一括指定可(3D 化 + 電荷割当 + conformer 生成も可)
手動ドッキング (リガンド位置をユーザが微調整した後、構造最適化・結合自由エネルギー ΔG 計算)
ポケット探索 簡易版(幾何学的な手法による探索)
高精度版( MolSite 法による探索、並列計算 )
バーチャルスクリーニング SBDS(ターゲット蛋白質が必要): MTS 法、機械学習 MTS 法
LBDS(ターゲット蛋白質が不要): 機械学習 DSI 法
(全て並列計算)
リランキング順にリスト表示(2D 構造式および特性値)、ドッキングポーズ表示、CVS/HTMLファイル(2D構造式画像を含む)出力
Database enrichment curve による精度解析
インハウス化合物ライブラリ(2D 構造式、MOL/SDF 形式)取り込み機能 (立体構造構築、並列計算)
化合物の各種特性値計算 合成容易性
Docking score QSAR 法による活性予測(ChEMBL データ利用、並列計算
類似・部分構造検索 MVO Screening 法 による類似構造検索(並列計算
Topology Graph Similarity による類似構造検索、部分構造検索

 

試用版はお気軽にお問い合わせ下さい (Please feel free to request a trial version)

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