In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

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MolDesk Basic version 1.1.68 リリース

機能追加 MolDesk Basic マニュアルをこちらで公開。 MolDesk Basic マニュアルの改訂(「膜タンパク質系の作成」において電荷付加計算の方法を追加)。

MolDesk Screening version 1.1.68 リリース

機能追加 MolDesk Basic マニュアルをこちらで公開。 MolDesk Basic マニュアルの改訂(「膜タンパク質系の作成」において電荷付加計算の方法を追加)。 MVO Screening の結果テーブルとフ …

MolDesk Basic version 1.1.67 リリース

機能追加 [Preparation] – [Build Membrane] メニューと、[Preparation] – [Solvate Membrane] メニューの追加。膜貫通タンパク質を入力 …

MolDesk Screening version 1.1.67 リリース

機能追加 [Preparation] – [Build Membrane] メニューと、[Preparation] – [Solvate Membrane] メニューの追加。膜貫通タンパク質を入力 …

MolDesk Basic version 1.1.66 リリース

機能追加 [File] – [Open Molecular File as list (Numerous molecules)] メニューの追加。1万個以上の分子を含む sdf / mol2 / pdb ファ …

MolDesk Screening version 1.1.66 リリース

機能追加 [File] – [Open Molecular File as list (Numerous molecules)] メニューの追加。1万個以上の分子を含む sdf / mol2 / pdb ファ …

MolDesk Basic version 1.1.65 リリース

バグ修正 SS結合に関与しないCYS残基が存在するタンパク質を入力する時にエラーになるバグ修正(このバグは、ver.1.1.63から存在した)。

MolDesk Screening version 1.1.65 リリース

バグ修正 SS結合に関与しないCYS残基が存在するタンパク質を入力する時にエラーになるバグ修正(このバグは、ver.1.1.63から存在した)。

MolDesk Basic version 1.1.64 リリース

機能追加 トラジェクトリ解析の各種グラフに、[Export]-[CSV] メニューを追加して、表示データを csv ファイルに出力可能にした。 Linux版において、最新の Ubuntu (10.04LTS) で発生する …

MolDesk Screening version 1.1.64 リリース

機能追加 トラジェクトリ解析の各種グラフに、[Export]-[CSV] メニューを追加して、表示データを csv ファイルに出力可能にした。 Linux版において、最新の Ubuntu (10.04LTS) で発生する …

MolDesk Basic version 1.1.63 リリース

機能追加 Linux 版の MD 計算のトラジェクトリ解析グラフが、CentOS7 で表示しない現象を修正。 タンパク質入力時に、デフォルトで S-S 結合を生成するようにした。(以前は、S-S 結合生成のためには [C …

MolDesk Screening version 1.1.63 リリース

機能追加 Linux 版の MD 計算のトラジェクトリ解析グラフが、CentOS7 で表示しない現象を修正。 タンパク質入力時に、デフォルトで S-S 結合を生成するようにした。(以前は、S-S 結合生成のためには [C …

MolDesk Basic version 1.1.62 リリース

機能追加 mmCIF ファイル(PDBx/mmCIF フォーマット)の入出力機能の追加。 それに伴い、[Open Remote PDB]メニューを、[Open Remote mmCIF / PDB]メニューに変更。 [I …

MolDesk Screening version 1.1.62 リリース

機能追加 mmCIF ファイル(PDBx/mmCIF フォーマット)の入出力機能の追加。 それに伴い、[Open Remote PDB]メニューを、[Open Remote mmCIF / PDB]メニューに変更。 [I …

MolDesk Basic version 1.1.61 リリース

機能追加 [Window] – [Reset All View] メニューの追加。すべてのウィンドウを再起動して初期表示に戻す機能。 バグ修正 [Connect Fragment] でキャンセルしたときに、メ …

MolDesk Screening version 1.1.61 リリース

機能追加 [Window] – [Reset All View] メニューの追加。すべてのウィンドウを再起動して初期表示に戻す機能。 バグ修正 [Connect Fragment] でキャンセルしたときに、メ …

MolDesk Basic version 1.1.60 リリース

機能追加 Status bar の表示幅のサイズを大きくした。 起動時の最大メモリ量を 120 GB に変更した。MD 計算の巨大なトラジェクトリを動画表示する際のメモリ不足エラーが出にくくなった。 バグ修正 外部プログ …

MolDesk Screening version 1.1.60 リリース

機能追加 ChEMBL sdf データファイルを、Preference で読み込み可能にした。MolDesk Screening のダウンロードサイトで、MolDesk Screening で使う ChEMBL sdf …

MolDesk Screening version 1.1.59 リリース

バグ修正 [Predict Activity] で、活性値の予測計算は正常に終了するが、計算した結果を [QSPR list] 画面で化合物のリスト表示しないバグ修正。

MolDesk Screening version 1.1.58 リリース

機能追加 化合物リスト全般で、化合物の(各種)特性値を表示するカラムを増やした。 Display – Label によるラベル表示が、直近のボンドや原子に隠れないようにして表示を見やすくした。 Color & …

MolDesk Basic version 1.1.58 リリース

機能追加 化合物リスト全般で、化合物の(各種)特性値を表示するカラムを増やした。 Display – Label によるラベル表示が、直近のボンドや原子に隠れないようにして表示を見やすくした。 Color & …

MolDesk Screening version 1.1.57 リリース

機能追加 インストーラーに jre を内蔵して、ユーザの Java 環境設定がなくとも起動・動作するようにした。 Windows 32bit 版の提供を廃止した。 起動時と、[About Software] 表示時の、I …

MolDesk Basic version 1.1.57 リリース

機能追加 インストーラーに jre を内蔵して、ユーザの Java 環境設定がなくとも起動・動作するようにした。 Windows 32bit 版の提供を廃止した。 起動時と、[About Software] 表示時の、I …

MolDesk Basic version 1.1.56 リリース

機能追加 [Move], [Center], [Orient], [Reset], [Zclip], [Fog], [Projection], [Stereo] ボタンをクリックして表示モードを変更したときに、Statu …

MolDesk Screening version 1.1.56 リリース

機能追加 [Move], [Center], [Orient], [Reset], [Zclip], [Fog], [Projection], [Stereo] ボタンをクリックして表示モードを変更したときに、Statu …

MolDesk Basic version 1.1.55 リリース

機能追加 Docking 計算で、多数の化合物を一度にドッキング計算するときに、conformer の生成をするか否か選択可能にした。 Display – Surface – Pocket メニュ …

MolDesk Screening version 1.1.55 リリース

機能追加 Docking 計算で、多数の化合物を一度にドッキング計算するときに、conformer の生成をするか否か選択可能にした。 Display – Surface – Pocket メニュ …

MolDesk Basic version 1.1.54 リリース

機能追加 画面の右下の TaskBar に、長時間ジョブの実行と終了をリアルタイムに表示するようにして、長時間の計算ジョブを実行しているときに、何の処理を実行中かわかるようにした。 myPresto の split_mo …

MolDesk Screening version 1.1.54 リリース

機能追加 [Predict Activate] (Docking score QSAR) 関係のプログラム (myPresto) を更新し、活性値予測の精度が向上した。 画面の右下の TaskBar に、長時間ジョブの実 …

MolDesk Basic version 1.1.53 リリース

機能追加 Stop ボタン (実行中のタスクをストップする) を常に表示するようにした。

MolDesk Screening version 1.1.53 リリース

機能追加 Stop ボタン (実行中のタスクをストップする) を常に表示するようにした。 バグ修正 Windows 版の MTS スクリーニングと ML-MTS スクリーニングにおいて、一部ノードの並列処理が不完全になる …

MolDesk Basic version 1.1.52 リリース

機能追加 化合物ファイルの入力で、SMILES 形式のファイル入力を可能にした。SMILES 形式のファイルは 1 行 1 分子の記述で複数分子の入力も可能。ドッキング計算時のリガンドの入力、化合物の 3 次元化の入力で …

MolDesk Screening version 1.1.52 リリース

機能追加 化合物ファイルの入力で、SMILES 形式のファイル入力を可能にした。SMILES 形式のファイルは 1 行 1 分子の記述で複数分子の入力も可能。ドッキング計算時のリガンドの入力、化合物の 3 次元化の入力で …

MolDesk Basic version 1.1.51 リリース

機能追加 PDB を入力するときに、NMR 実験由来の PDB で MODEL が多数ある場合に、読み込みが遅くなる現象をなくした。 MD / MIN 計算 (cosgene による) において、多数の水分子がある場合に …

MolDesk Screening version 1.1.51 リリース

機能追加 PDB を入力するときに、NMR 実験由来の PDB で MODEL が多数ある場合に、読み込みが遅くなる現象をなくした。 MD / MIN 計算 (cosgene による) において、多数の水分子がある場合に …

MolDesk Basic version 1.1.50 リリース

機能追加 MD 計算結果の動画表示で、原子をマウスクリックして、表示しているフレームにおいて正しい座標が取得できるようにした。 水素結合で、1 原子から複数の結合が生成されるケースがあったが、最近接の結合を 1 本だけ表 …

MolDesk Screening version 1.1.50 リリース

機能追加 MD 計算結果の動画表示で、原子をマウスクリックして、表示しているフレームにおいて正しい座標が取得できるようにした。 水素結合で、1 原子から複数の結合が生成されるケースがあったが、最近接の結合を 1 本だけ表 …

MolDesk Basic version 1.1.49 リリース

機能追加 SS 結合と水素結合系の表示を、MD 計算結果の動画の中でも表示できるようにした。 SS 結合は、PDB の SSBOND 行と完全に同期するようにした。 すべての非極性の水素原子の表示を消せるようにした( D …

MolDesk Screening version 1.1.49 リリース

機能追加 SS 結合と水素結合系の表示を、MD 計算結果の動画の中でも表示できるようにした。 SS 結合は、PDB の SSBOND 行と完全に同期するようにした。 すべての非極性の水素原子の表示を消せるようにした( D …

MolDesk Basic version 1.1.48 リリース

機能追加 系のすべての水素原子の表示を 消す / 再表示する メニュー ( Display – Hide all H atoms / Show all H atoms ) の追加。 ラベル表示に、残基名 / …

MolDesk Screening version 1.1.48 リリース

機能追加 系のすべての水素原子の表示を 消す / 再表示する メニュー ( Display – Hide all H atoms / Show all H atoms ) の追加。 ラベル表示に、残基名 / …

MolDesk Basic version 1.1.47 リリース

機能追加 すでにデータがあるディレクトリには、プロジェクトの保存(Save as)ができないようにした。 バグ修正 Solvate で系に既に存在する金属イオンを消してしまうバグ(ver.1.1.45 から存在)修正。 …

MolDesk Screening version 1.1.47 リリース

機能追加 すでにデータがあるディレクトリには、プロジェクトの保存(Save as)ができないようにした。 バグ修正 Solvate で系に既に存在する金属イオンを消してしまうバグ(ver.1.1.45 から存在)修正。 …

MolDesk Basic version 1.1.46 リリース

機能追加 リファクタリング作業実施中、結果的にコマンド実行時に3D表示がより保存される方向に改良された。 バグ修正 ライセンスファイルの日付に誤りがあるときに、ライセンスが無効にならない場合の修正。

MolDesk Screening version 1.1.46 リリース

機能追加 リファクタリング作業実施中、結果的にコマンド実行時に3D表示がより保存される方向に改良された。 スクリーニング計算のスコア集計時のファイルマージ処理の安定化。 バグ修正 ライセンスファイルの日付に誤りがあるとき …

MolDesk Basic version 1.1.45 リリース

機能追加 myPresto のすべてのプログラムを、最新版の myPresto ver.5 に更新。 マニュアルの pdf をローカルなファイルへのリンクに変更。 トラジェクトリ解析で動画連動 2D グラフを表示するとき …

MolDesk Screening version 1.1.45 リリース

機能追加 docking score QSAR の計算機能を実装。ChEMBL から得られた親和性(実験)データを使用して、特定タンパク質に対する化合物の活性値を予測します。 myPresto のすべてのプログラムを、最 …

MolDesk Basic version 1.1.43 リリース

機能追加 エネルギー極小化計算と、MD 計算のデフォルト設定値の見直し。より安定に計算できる方向に修正した。 3D 表示のための JOGL ライブラリを、最新安定版 (JOGL ver.2.3.2) + 修正パッチ適応に …

MolDesk Screening version 1.1.43 リリース

機能追加 エネルギー極小化計算と、MD 計算のデフォルト設定値の見直し。より安定に計算できる方向に修正。 3D 表示のための JOGL ライブラリを、最新安定版 (JOGL ver.2.3.2) + 修正パッチ適応に変更 …

MolDesk Basic version 1.1.42 リリース

機能追加 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸を背景色で色分けして表示していたが、文字色の色分けに変更。 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸の色分け表示を MD 計算やドッキング …

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