In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

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MolDesk Screening バージョンアップ履歴

MolDesk Screening version 1.1.60 リリース

機能追加 ChEMBL sdf データファイルを、Preference で読み込み可能にした。MolDesk Screening のダウンロードサイトで、MolDesk Screening で使う ChEMBL sdf …

MolDesk Screening version 1.1.59 リリース

バグ修正 [Predict Activity] で、活性値の予測計算は正常に終了するが、計算した結果を [QSPR list] 画面で化合物のリスト表示しないバグ修正。

MolDesk Screening version 1.1.58 リリース

機能追加 化合物リスト全般で、化合物の(各種)特性値を表示するカラムを増やした。 Display – Label によるラベル表示が、直近のボンドや原子に隠れないようにして表示を見やすくした。 Color & …

MolDesk Screening version 1.1.57 リリース

機能追加 インストーラーに jre を内蔵して、ユーザの Java 環境設定がなくとも起動・動作するようにした。 Windows 32bit 版の提供を廃止した。 起動時と、[About Software] 表示時の、I …

MolDesk Screening version 1.1.56 リリース

機能追加 [Move], [Center], [Orient], [Reset], [Zclip], [Fog], [Projection], [Stereo] ボタンをクリックして表示モードを変更したときに、Statu …

MolDesk Screening version 1.1.55 リリース

機能追加 Docking 計算で、多数の化合物を一度にドッキング計算するときに、conformer の生成をするか否か選択可能にした。 Display – Surface – Pocket メニュ …

MolDesk Screening version 1.1.54 リリース

機能追加 [Predict Activate] (Docking score QSAR) 関係のプログラム (myPresto) を更新し、活性値予測の精度が向上した。 画面の右下の TaskBar に、長時間ジョブの実 …

MolDesk Screening version 1.1.53 リリース

機能追加 Stop ボタン (実行中のタスクをストップする) を常に表示するようにした。 バグ修正 Windows 版の MTS スクリーニングと ML-MTS スクリーニングにおいて、一部ノードの並列処理が不完全になる …

MolDesk Screening version 1.1.52 リリース

機能追加 化合物ファイルの入力で、SMILES 形式のファイル入力を可能にした。SMILES 形式のファイルは 1 行 1 分子の記述で複数分子の入力も可能。ドッキング計算時のリガンドの入力、化合物の 3 次元化の入力で …

MolDesk Screening version 1.1.51 リリース

機能追加 PDB を入力するときに、NMR 実験由来の PDB で MODEL が多数ある場合に、読み込みが遅くなる現象をなくした。 MD / MIN 計算 (cosgene による) において、多数の水分子がある場合に …

MolDesk Screening version 1.1.50 リリース

機能追加 MD 計算結果の動画表示で、原子をマウスクリックして、表示しているフレームにおいて正しい座標が取得できるようにした。 水素結合で、1 原子から複数の結合が生成されるケースがあったが、最近接の結合を 1 本だけ表 …

MolDesk Screening version 1.1.49 リリース

機能追加 SS 結合と水素結合系の表示を、MD 計算結果の動画の中でも表示できるようにした。 SS 結合は、PDB の SSBOND 行と完全に同期するようにした。 すべての非極性の水素原子の表示を消せるようにした( D …

MolDesk Screening version 1.1.48 リリース

機能追加 系のすべての水素原子の表示を 消す / 再表示する メニュー ( Display – Hide all H atoms / Show all H atoms ) の追加。 ラベル表示に、残基名 / …

MolDesk Screening version 1.1.47 リリース

機能追加 すでにデータがあるディレクトリには、プロジェクトの保存(Save as)ができないようにした。 バグ修正 Solvate で系に既に存在する金属イオンを消してしまうバグ(ver.1.1.45 から存在)修正。 …

MolDesk Screening version 1.1.46 リリース

機能追加 リファクタリング作業実施中、結果的にコマンド実行時に3D表示がより保存される方向に改良された。 スクリーニング計算のスコア集計時のファイルマージ処理の安定化。 バグ修正 ライセンスファイルの日付に誤りがあるとき …

MolDesk Screening version 1.1.45 リリース

機能追加 docking score QSAR の計算機能を実装。ChEMBL から得られた親和性(実験)データを使用して、特定タンパク質に対する化合物の活性値を予測します。 myPresto のすべてのプログラムを、最 …

MolDesk Screening version 1.1.43 リリース

機能追加 エネルギー極小化計算と、MD 計算のデフォルト設定値の見直し。より安定に計算できる方向に修正。 3D 表示のための JOGL ライブラリを、最新安定版 (JOGL ver.2.3.2) + 修正パッチ適応に変更 …

MolDesk Screening version 1.1.42 リリース

機能追加 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸を背景色で色分けして表示していたが、文字色の色分けに変更。 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸の色分け表示を MD 計算やドッキング …

MolDesk Screening version 1.1.41 リリース

機能追加 Tree 表示で、タンパク質の 20 種類の標準アミノ酸を色分けして表示するようにした。20 種類の標準アミノ酸以外の残基は従来通り白で表示して、非標準アミノ酸がどこにあるかを確認しやすくした。 [Select …

MolDesk Screening version 1.1.40 リリース

機能追加   Screening スクリーニング計算結果のプロジェクトに化合物の2次元画像データを含めるようにした。これにより、プロジェクトを他のマシンに移動したときに、Preference での データベース (LIg …

MolDesk Screening version 1.1.39 リリース

機能追加   Screening MVO Screening 機能の追加。MVO Screening (旧名:MD-MVO)とは、2つの分子の立体的な重ね合わせにより、重なりの大きいものを類似性が高いとする類似化合物探索 …

MolDesk Screening version 1.1.38 リリース

機能追加 MolDesk Screening の Mac 版をリリース。ただし、MolDesk Screening の Mac 版は、MD 計算の MPI / GPU 並列計算には対応していない。スクリーニング計算のスレ …

MolDesk Screening version 1.1.37 リリース

機能追加 MD計算のデフォルト設定条件で、SHAKEをOFFにしました。

MolDesk Screening version 1.1.36 リリース

機能追加 MolDesk Basic の Mac版をリリース (MolDesk Screening ユーザにもご提供)。 MD計算のデフォルト設定条件を全面的に見直して、より安定で、高精度、高速な条件に変更した。 Mol …

MolDesk Screening version 1.1.35 リリース

機能追加 管理者権限でライセンスファイルを使ってライセンス認証した場合は、他のユーザはランセンス認証を行わなくとも良いように変更した。 ライセンスファイルを固定の場所に置く必要がなくなり、バージョンアップ時にライセンス認 …

MolDesk Screening version 1.1.34 リリース

機能追加 Screening 計算で使用した LigandBox のパスをプロジェクトに記録するようにして、次回そのプロジェクトを開いたときに、Screening 計算で使用した LigandBox を Preferen …

MolDesk Screening version 1.1.33 リリース

機能追加 アミノ酸を3文字から4文字表記に拡張した。 Hgene のバージョンアップにより、大部分の化合物の錯体がエラーなく計算できるようなった。ただし、金属原子との結合は、ng (結合がない)で計算する機能のみ現時点で …

MolDesk Screening version 1.1.32 リリース

機能追加 [Remake DB for Screening] 機能の追加。スレッド並列数の大きな高性能な計算機で、より高速にスクリーニング計算をするために、作成済のスクリーニング用データベースの分割数を大きくして作成し直 …

MolDesk Screening version 1.1.31 リリース

機能追加 sievgene_for_dockingpose ver.161210 へバージョンアップ sievgene_for_screening ver.161210 へバージョンアップ それに伴い About Mol …

MolDesk Screening version 1.1.30 リリース

機能追加 LigandBox 2016 (LigandBox最新版) 配布対応 (200万化合物 × 4 データセット) tplgeneX ver.20170321 へバージョンアップ、力場データの更新、HIS系の残基変 …

MolDesk Screening version 1.1.29 リリース

機能追加 2Dエディター JChemPaint による化合物の編集が可能になった。Ligand Info 画面の化合物を右クリックして [Edit 2D] メニューを選択すると、その分子を入力にして JChemPaint …

MolDesk Screening version 1.1.28 リリース

機能追加 Console 画面の計算ログの出力を高速化した。 特定の残基名の分子を脂質分子として認識するようにした(近い将来に、膜タンパク質のモデル機能を実装するため)。 Warning Console 画面を新たに設け …

MolDesk Screening version 1.1.27 リリース

機能追加 [Partical Charge] で化合物の電荷を生成する方法に、MOPAC7 AM1-BCC を追加した。 複数のプロジェクトで計算実行中でも、新規プロジェクトの作成を可能にした。 複数のプロジェクトがある …

MolDesk Screening version 1.1.26 リリース

バグ修正 Windows 64bit および Windows 32bit 版で、[Import Trajectory] メニューで、トラジェクトリファイルの動画を表示できないバグ修正。

MolDesk Screening version 1.1.25 リリース

機能追加 MD 計算において、NPT アンサンブルを選択したときに、詳細設定タブを必ず開いて積分法の変更をする必要があったが、詳細設定タブを開かなくとも NPT アンサンブルで計算できるように、最適な積分法を自動設定する …

MolDesk Screening version 1.1.24 リリース

機能追加 2 次元化合物の 3 次元化において、conformer 生成プログラム confgeneC の計算が終わらないケースがまれに発生するケースがあったので、5 分でタイムアウトしてエラーログ出力するようにした。 …

MolDesk Screening version 1.1.23 リリース

機能追加 MD Analysis 画面に [Save Animation] ボタンを設け、トラジェクトリの動画を、アニメーション GIF (animated GIF/ GIF animation) ファイルに保存できるよ …

MolDesk Screening version 1.1.22 リリース

機能追加 MD 計算後に、トラジェクトリの動画表示。動画は、3D 表示がそのまま動画になり、表示モデルや色の変更が可能、化合物は、2重、3重結合なども表示したまま動画。 MD Analysis 画面を新規に作成して、Mi …

MolDesk Screening version 1.1.21 リリース

機能追加 PDB 入力の各分子鎖について、PDBj eF-site の正確な静電ポテンシャル面が表示できるようになりました。 分子表面表示で、タンパク質内の Cavity だけの表示を可能にしました。 分子表面表示のデフ …

MolDesk Screening version 1.1.20 リリース

機能追加 [Axis] ボタンを追加して、3D表示で座標軸を表示できるようにしました。Red, Green, Blue の色で、それぞれ、x, y, z 方向の座標軸を表示します。

MolDesk Screening version 1.1.19 リリース

機能追加 ユーザの指定する sdf ファイルの化合物に対して、スクリーニング計算が可能になった(最大数百万化合物まで)。 スクリーニング計算結果を表示する Screening Info 画面で表示する化合物特性の種類を増 …

MolDesk Screening version 1.1.18 リリース

機能追加 スクリーニング計算の、結果リストのすべての化合物の3次元的なドッキングポーズの表示を可能にした。リスト上で、高速に次々切り替えて表示可能。 スクリーニング結果リストの2次元化合物画像生成時にメモリ不足が生じるケ …

MolDesk Screening version 1.1.17 リリース

機能追加 スクリーニング計算の、入力用 GUI 画面デザインを見直しわかりやすくした。 myPresto プログラム群の中で重要な力場生成プログラム tplgene を、最新版の tplgeneX に変更。 tplgen …

MolDesk Screening version 1.1.16 リリース

機能追加 スクリーニング結果リストで、[Export as csv] —> [Export table] にボタン名を変更。 [Export table] ボタンの機能を、CSV ファイル出力の他に、2 …

MolDesk Screening version 1.1.15 リリース

機能追加 MD計算で、MPI / CUDA (NVIDIA GPU) による並列計算を可能にした。具体的には、Windows 64bit および Linux 64bit において、myPresto の MD 計算プログラ …

MolDesk Screening version 1.1.14 リリース

機能追加 AWS の Windows 64bit 環境下で動作するようコード全体を見直した。 バグ修正 [Clean Geometry] – [Only *** molecule and neiborhood …

MolDesk Screening version 1.1.13 リリース

機能追加 ツリー表示画面で、複数のプロジェクトを切り替えた後も、表示の状態を保存するようにした。 バグ修正 複数のプロジェクトを表示しているときに、リガンドリスト画面でリガンドを選択した後に、3D表示がおかしくなるバグ修 …

MolDesk Screening version 1.1.12 リリース

機能追加 3D表示画面で、背景(デフォルトで黒)をクリックしたときに、原子などの選択を解除するようにした。 バグ修正 「Cap with ACE and NME」コマンドでタンパク質の N/C 末端処理を行うときに、1個 …

MolDesk Screening version 1.1.11 リリース

バグ修正 ver.1.1.7, ver.1.1.8, ver.1.1.9, ver.1.1.10 において永久ライセンスが有効にならないバグ修正。

MolDesk Screening version 1.1.10 リリース

機能追加 ドッキング計算、および、[Convert to 3D Mol2] コマンドにおいて、多数の sdf / mol / mol2 ファイルを一括で選択して、座標の3次元化 + 電荷付加 する機能において、生成する …

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