In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

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MolDesk Screening バージョンアップ履歴

MolDesk Screening version 1.1.23 リリース

機能追加 MD Analysis 画面に [Save Animation] ボタンを設け、トラジェクトリの動画を、アニメーション GIF (animated GIF/ GIF animation) ファイルに保存できるよ …

MolDesk Screening version 1.1.22 リリース

機能追加 MD 計算後に、トラジェクトリの動画表示。動画は、3D 表示がそのまま動画になり、表示モデルや色の変更が可能、化合物は、2重、3重結合なども表示したまま動画。 MD Analysis 画面を新規に作成して、Mi …

MolDesk Screening version 1.1.21 リリース

機能追加 PDB 入力の各分子鎖について、PDBj eF-site の正確な静電ポテンシャル面が表示できるようになりました。 分子表面表示で、タンパク質内の Cavity だけの表示を可能にしました。 分子表面表示のデフ …

MolDesk Screening version 1.1.20 リリース

機能追加 [Axis] ボタンを追加して、3D表示で座標軸を表示できるようにしました。Red, Green, Blue の色で、それぞれ、x, y, z 方向の座標軸を表示します。

MolDesk Screening version 1.1.19 リリース

機能追加 ユーザの指定する sdf ファイルの化合物に対して、スクリーニング計算が可能になった(最大数百万化合物まで)。 スクリーニング計算結果を表示する Screening Info 画面で表示する化合物特性の種類を増 …

MolDesk Screening version 1.1.18 リリース

機能追加 スクリーニング計算の、結果リストのすべての化合物の3次元的なドッキングポーズの表示を可能にした。リスト上で、高速に次々切り替えて表示可能。 スクリーニング結果リストの2次元化合物画像生成時にメモリ不足が生じるケ …

MolDesk Screening version 1.1.17 リリース

機能追加 スクリーニング計算の、入力用 GUI 画面デザインを見直しわかりやすくした。 myPresto プログラム群の中で重要な力場生成プログラム tplgene を、最新版の tplgeneX に変更。 tplgen …

MolDesk Screening version 1.1.16 リリース

機能追加 スクリーニング結果リストで、[Export as csv] —> [Export table] にボタン名を変更。 [Export table] ボタンの機能を、CSV ファイル出力の他に、2 …

MolDesk Screening version 1.1.15 リリース

機能追加 MD計算で、MPI / CUDA (NVIDIA GPU) による並列計算を可能にした。具体的には、Windows 64bit および Linux 64bit において、myPresto の MD 計算プログラ …

MolDesk Screening version 1.1.14 リリース

機能追加 AWS の Windows 64bit 環境下で動作するようコード全体を見直した。 バグ修正 [Clean Geometry] – [Only *** molecule and neiborhood …

MolDesk Screening version 1.1.13 リリース

機能追加 ツリー表示画面で、複数のプロジェクトを切り替えた後も、表示の状態を保存するようにした。 バグ修正 複数のプロジェクトを表示しているときに、リガンドリスト画面でリガンドを選択した後に、3D表示がおかしくなるバグ修 …

MolDesk Screening version 1.1.12 リリース

機能追加 3D表示画面で、背景(デフォルトで黒)をクリックしたときに、原子などの選択を解除するようにした。 バグ修正 「Cap with ACE and NME」コマンドでタンパク質の N/C 末端処理を行うときに、1個 …

MolDesk Screening version 1.1.11 リリース

バグ修正 ver.1.1.7, ver.1.1.8, ver.1.1.9, ver.1.1.10 において永久ライセンスが有効にならないバグ修正。

MolDesk Screening version 1.1.10 リリース

機能追加 ドッキング計算、および、[Convert to 3D Mol2] コマンドにおいて、多数の sdf / mol / mol2 ファイルを一括で選択して、座標の3次元化 + 電荷付加 する機能において、生成する …

MolDesk Screening version 1.1.9 リリース

機能追加 ドッキング計算で使うリガンド分子を、外部ファイル入力可能にしました。 ・多数の sdf/mol/mol2 ファイルを一括で指定可 ・一括で、3次元化 + 電荷付加も可 溶液 NMR の化合物のシグナル(水素原子 …

MolDesk Screening version 1.1.8 リリース

機能追加 スクリーニング計算で、ドッキング計算のオプションに、Flexible / Rigid を追加して、機械学習で使用する既知活性化合物に対して剛体でドッキング計算できるようにした。この機能は、既知活性化合物としてユ …

MolDesk Screening version 1.1.7 リリース

機能追加 海外ユーザからの指摘で、特定の言語ロケールでMolDeskを起動したときに、実数入力でエラーになったり、PDBが正しく入力できない現象が見つかったので、起動時の言語ロケールを英語に限定した。 スクリーニング計算 …

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