In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

MolDesk Screening コマンド一覧

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MolDesk Screening コマンド一覧

※ MolDesk Screening は、MolDesk Basic のコマンドをすべて含みます。
以下では、MolDesk Basic に含まないコマンドを説明します。

Expert

高精度なポケット探索

コマンド 機能
Find Pocket Molsite による高精度なポケット探索 (並列計算による高速化)

Screening

インシリコ薬剤スクリーニングや回帰分析を実行します。

コマンド 機能
Screening : MTS/Docking score MTS(Multiple Target Screening)法、または、ドッキングスコア順 によるスクリーニング
並列計算による高速化)
Screening : ML-MTS ML-MTS(Machine Learning Multiple Target Screening)法によるスクリーニング
並列計算による高速化)
Screening : ML-DSI ML-DSI(Machine Learning Docking Score Index)法によるスクリーニング
並列計算による高速化)
MVO Screening MVO Screening (旧名:MD-MVO (molecular dynamics maximum volume overlap method))による類似構造検索
Topology Graph Similarity 類似構造検索
Substructure Search 部分構造検索
Predict Activity Docking score QSAR による特定タンパク質に対する化合物の活性値予測
Predict with Regression model 回帰分析による化合物の各種特性値予測

Preparation

スクリーニング計算や回帰分析のための化合物のデータ加工を実行します。

コマンド 機能
Convert to 3D Mol2 多数の sdf / mol / mol2 / SMILES ファイルを、AMBER GAFF2 力場で構造最適化し3次元化して、MOPAC7 AM1 で電荷を付加して、多数の Mol2 ファイルと、それらすべてをマージした multi Mol2 ファイルに変換。

(この機能は、MolDesk Basic にもありますが、MolDek Screening では並列計算で高速に処理します。)

Make DB for Screening [Convert to 3D Mol2] と同じ処理を実行した後に、MTS / ML-MTS / ML-DSI 法でスクリーニングできるようにデータ加工する。並列計算で高速に処理。
Remake DB for Screening [Make DB for Screening] で作成したスクリーニング用化合物データベースや、LigandBox を、高性能な並列計算機で高速にスクリーニング計算できるように、分割数をより大きくして作り直す。
Make DB to predict Activity ChEMBL からダウンロードした実験値を使って、[Predict Activity] で活性値を計算するための回帰パラメタを作成する。
Make Regression model ChEMBL からダウンロードした実験値やユーザが用意した実験値を使って、[Predict with Regression model] で化合物の各種特性値を計算するための回帰パラメタを作成する。

Window

MolDesk を構成する各画面の生成

コマンド 機能
Screening Info Screening 結果リスト画面を再表示
QSPR Info 定量的構造物性相関(QSPR、Quantitative Structure-Property Relationship)の結果リスト画面を再表示

試用版はお気軽にお問い合わせ下さい (Please feel free to request a trial version)

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