GROMACSによるMD計算とトラジェクトリ解析

エネルギー極小化計算とMD計算

[Preference] – [Molecular dynamics] の設定

[Help]－[Preference]－[Molecular dynamics] 画面で、 [GROMACS] を選択すると、GROMACS によるエネルギー極小化計算と MD 計算を実行します。

Windows版は、Windows 10 ではユーザは GROMACS のインストールなしで GROMACS を使えます (Windows 11 など Windows 10 以外では使用できません。Windows 10 で GROMACS 実行時の様子の動画はこちら)。

Linux版とMAC版は、ユーザがインストールした GROAMCS の [GROMACS directory] の設定が必要です。[GROMACS directory] は、share と bin が存在する directory を設定してください。

※ 現バージョンでは、GROMACS の実行は、bin/gmx で、並列数の指定なしで行います。インストールディレクトリに、bin/gmx が存在しない時は実行できません。OpenMP や thread MPI の並列数は、GROMACS の自動的に並列数を指定する機能に依存してます。MPI は使用しません。

エネルギー極小化計算

基本的には、myPresto の cosgene によるエネルギー極小化計算の場合と同様に操作します。ただし、以下の制限があります。

[Solvate] で作成する水溶媒の形状は、[Cube] だけが有効です。[Sphere] で作成した系は計算できません。周期的境界条件で計算するためです。
PME法を使用してます。GUI からは、nsteps, integrator, define のみを修正でき、その他はデフォルト値で固定です。

MD計算

基本的には、myPresto の cosgene の MD計算の場合と同様に操作します。ただし、現バージョンでは GUI から設定できる項目に限りがあり、以下の制限があります。

NVT アンサンブル、または、NPT アンサンブルの場合は PME法を使用してます。GUI からは、define, nsteps, dt, nstxout, nstvout, nstenergy, nslog, nstxout-compressed, continuation, gen_vel, gen_temp, tcouple, ref_t, pcouple のみを修正でき、その他はデフォルト値で固定です。