エネルギー極小化計算とMD計算

[Preference] – [Molecular dynamics] の設定

[Help]-[Preference]-[Molecular dynamics] 画面で、 [GROMACS] を選択すると、GROMACS によるエネルギー極小化計算と MD 計算を実行します。

Windows版は、ユーザは GROMACS のインストールなしで GROMACS を使えます (使用の様子の動画はこちら)。

Linux版とMAC版は、ユーザがインストールした GROAMCS の [GROMACS directory] の設定が必要です。[GROMACS directory] は、sharebin が存在する directory を設定してください。

※ 現バージョンでは、GROMACS の実行は、bin/gmx で、並列数の指定なしで行います。インストールディレクトリに、bin/gmx が存在しない時は実行できません。OpenMP や thread MPI の並列数は、GROMACS の自動的に並列数を指定する機能に依存してます。MPI は使用しません。

エネルギー極小化計算

基本的には、myPresto の cosgene によるエネルギー極小化計算の場合と同様に操作します。ただし、以下の制限があります。

  1. [Solvate] で作成する水溶媒の形状は、[Cube] だけが有効です。[Sphere] で作成した系は計算できません。周期的境界条件で計算するためです。
  2. PME法を使用してます。GUI からは、nsteps, integrator, define のみを修正でき、その他はデフォルト値で固定です。

MD計算

基本的には、myPresto の cosgene の MD計算の場合と同様に操作します。ただし、現バージョンでは GUI から設定できる項目に限りがあり、以下の制限があります。

  1. NVT アンサンブル、または、NPT アンサンブルの場合は PME法を使用してます。GUI からは、define, nsteps, dt, nstxout, nstvout, nstenergy, nslog, nstxout-compressed, continuation, gen_vel, gen_temp, tcouple, ref_t, pcouple のみを修正でき、その他はデフォルト値で固定です。

トラジェクトリ解析

以下のトラジェクトリ解析を実行して、時間軸のあるグラフは動画と連動したグラフを表示します。

一般

  1. gmx energy
  2. gmx rms
  3. gmx rmsf
  4. gmx gyrate
  5. gmx mindist
  6. gmx hbond
  7. gmx rama

共分散解析 (Covarience analysis, PCA関係)

  1. gmx covar
  2. gmx anaeig

※ 使用法の詳細は、「MolDesk Basicマニュアル」をご参照ください。

計算系の解析したいグループを入力して [2D plot] をクリックするとグラフ表示します。

グラフ表示例)

energy.xvg
rmsd.xvg
rmsf.xvg
gyrate.xvg
hbac.xvg
hbhelix.xvg
hblife.xvg
hbmap.xpm
rama.xvg
eigenval.xvg
covara.xpm
proj.xvg
proj2d.xvg
eigcomp.xvg
eigrmsf.xvg
proj3d.gro