エネルギー極小化計算とMD計算
[Preference] – [Molecular dynamics] の設定
[Help]-[Preference]-[Molecular dynamics] 画面で、 [GROMACS] を選択すると、GROMACS によるエネルギー極小化計算と MD 計算を実行します。

Windows版は、Windows 11 および Windows 10 ではユーザは GROMACS のインストールなしで GROMACS を使えます。ただし、すべての Windows 11 / 10 の PC について動作保証はできません。弊社で GROMACS の正常動作を確認した PC は以下の通りです。
- Windows 11 Home, Intel Core i3-12100, nVIDIA GPUなし
- Windows 11 Home, Intel Core i7-12700H, nVIDIA GeForce RTX 3050 Laptop GPU, CUDA 12.1
- Windows 10 Home, Intel Core i7-4790K, nVIDIA GeForce GTX 970, CUDA 12.1
- WIndows 10 Home, Intel Core m5-6Y54, nVIDIA GPUなし
Windows 10 で GROMACS 実行時の様子の動画はこちら。
Linux版とMAC版は、ユーザがインストールした GROAMCS の [GROMACS directory] の設定が必要です。[GROMACS directory] は、share と bin が存在する directory を設定してください。
※ 現バージョンでは、GROMACS の実行は、bin/gmx で、並列数の指定なしで行います。インストールディレクトリに、bin/gmx が存在しない時は実行できません。OpenMP や thread MPI の並列数は、GROMACS の自動的に並列数を指定する機能に依存してます。MPI は使用しません。
エネルギー極小化計算
基本的には、myPresto の cosgene によるエネルギー極小化計算の場合と同様に操作します。ただし、以下の制限があります。
- [Solvate] で作成する水溶媒の形状は、[Cube] だけが有効です。[Sphere] で作成した系は計算できません。周期的境界条件で計算するためです。
- PME法を使用してます。GUI からは、nsteps, integrator, define のみを修正でき、その他はデフォルト値で固定です。
MD計算
基本的には、myPresto の cosgene の MD計算の場合と同様に操作します。ただし、現バージョンでは GUI から設定できる項目に限りがあり、以下の制限があります。
- NVT アンサンブル、または、NPT アンサンブルの場合は PME法を使用してます。GUI からは、define, nsteps, dt, nstxout, nstvout, nstenergy, nslog, nstxout-compressed, continuation, gen_vel, gen_temp, tcouple, ref_t, pcouple のみを修正でき、その他はデフォルト値で固定です。
トラジェクトリ解析
以下のトラジェクトリ解析を実行して、時間軸のあるグラフは動画と連動したグラフを表示します。
一般
- gmx energy
- gmx rms
- gmx rmsf
- gmx gyrate
- gmx mindist
- gmx hbond
- gmx rama
共分散解析 (Covarience analysis, PCA関係)
- gmx covar
- gmx anaeig
※ 使用法の詳細は、「MolDesk Basicマニュアル」をご参照ください。

計算系の解析したいグループを入力して [2D plot] をクリックするとグラフ表示します。
グラフ表示例)