Frequently Asked Questions
ベンゼンのような小さな化合物のドッキング計算ができません
2018/07/26 Frequently Asked Questions
ドッキング計算は、myPresto の sievgene というプログラムが使われていますが、デフォルトの設定値が、ベンゾジアゼピン程度を最小分子としています。 そのため、ベンゼンのような、それよりかなり小さい分子をドッ …
psygene-G が以下のエラーで動きません
2018/03/12 Frequently Asked Questions
MolDesk Screening で、psygene-G で MD計算するときに、以下のエラーが出て動きません。 cuda_get_usable_device_count()@[ nonewald.cu ]: usab …
大きなトラジェクトリファイルを読み込んだ後に動画を表示しないです。また、タイムステップ数の長いMD計算をした後に動画を表示しないです。
2017/07/21 Frequently Asked Questions
上の画面が出るとき、Java 起動時のメモリが不足していることが考えられます。 以下のファイルを編集して、メモリを増やしてから起動し直してみてください。 Windows の場合: C:\Program Files\Mol …
注目した分子を画面中心に表示したいです
2017/07/10 Frequently Asked Questions
注目した分子を画面中心に表示するためには、中心に持ってきたい分子を、ツリー表示、または、3D 画面でクリックして選択してから、画面の上にある ボタンをクリックします。
ｚクリップして、断面を表示したまま拡大・縮小したいのですが、また、その他の３D表示画面のマウス操作について知りたいです
2016/11/08 Frequently Asked Questions
Shift + Ctrl + 左ドラッグ のマウス操作で、拡大・縮小できます。 その他のマウス操作についてまとめると以下の通りです。 動作 マウス操作 X軸（左右方向軸）回転 Y軸（上下方向軸）回転 左ドラッグ Z軸（奥 …
MD 計算の結果（トラジェクトリ）を、アニメーションで表示したときに、リボン（またはCartoon）表示の色が構造と一致してません
2016/10/10 Frequently Asked Questions
アニメーションで、リボン表示または Cartoon 表示の色は、一番初めのフレームの構造で付けます（初期表示）。 各フレームごとの構造に色を合わせたい場合は、ツリー表示でタンパク質(または核酸）を選択してから、[Colo …
計算できる系にサイズの上限はありますか？
2015/10/08 Frequently Asked Questions
MolDesk Basic では、エネルギー最小化計算、MD 計算、ドッキング計算は、原子数 10 万個が上限です。 水溶媒のほとんどない、超巨大なタンパク質の系では、まれに、torsion (２面角) 最大数 20 万 …
計算できる分子はどのようなものですか？
2015/10/08 Frequently Asked Questions
主に PDB に登録されている分子や、PubChem / DrugBank / LigandBox (KEGG DRUG) などに登録されている各種化合物が対象となります。表示だけなら、ほぼすべての PDB や化合物の …
文献に記載されている残基番号と比較したいのですが、PDBの残基番号は保存されますか？
2015/09/26 Frequently Asked Questions
結晶水以外の残基番号はすべて保存されます。 Minimize 計算、MD 計算、ドッキング計算後も残基番号は保存されますので、文献との比較を容易に行うことができます。 保存した例はこちら。
3D表示で、リボンとワイヤーフレームの重ね書きや、作成した3D表示の保存はできますか？
2015/08/26 Frequently Asked Questions
リボンとワイヤーフレーム（Line）、リボンとボールスティックとチューブなど、異なる表示方法の重ね書きは自由にできます。また、表示の設定は、原子単位でできます。 Save Image ボタン、または、[Display] …
プロジェクトを保存するフォルダ名は日本語が可能ですか？
2014/10/24 Frequently Asked Questions
可能です。Unicodeで処理してますので、日本語名のフォルダや、パスでも正常に動作します。 MolDesk Screening でスクリーニング計算する場合は、計算結果データを保存するプロジェクトのパスに、スペースが入 …
