機能追加
- myPresto の add_ion と setwater を最新版に更新した。
- 結果的に、[Solvent] 機能で、イオン付加の方法を従来の 5通りから 9通りに増やし、ヒトの細胞イオン濃度や血液イオン濃度、バクテリアのイオン濃度などが簡単に生成可能になった。Na+, Cl- イオンの他に K+ イオンが付加可能になった。
- 結果的に、[Preferences] – [6.Molecule] – [TplgeneX Water] で水溶媒で OPC3 力場を選択した時に、OPC3 専用の座標と電荷を使用するようにした。従来は、OPC3 の座標は TIP3P の座標を代用していた。
- [MD Analysis] 画面にスクロールバーを実装して、縦方向に狭いディスプレイでも [MD Analysis] 画面の中身の表示が途切れないようにした。
- Windows版に内蔵している GROMACS 実行プログラムに、GROMACS-2021.5 を加えた。デフォルト設定は GROMACS-2021.7 だが動かないケースがあったので、GROMACS-2021.5 をユーザ選択可能にした。
バグ修正
- tplgeneX プログラムで、Cl 原子の PDB 出力時に原子名カラムのずれを修正した。
