In silico drug design (molecular design) package software with myPresto. インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

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MolDesk Basic バージョンアップ履歴

MolDesk Basic version 1.1.17 リリース

機能追加 myPresto プログラム群の中で重要な力場生成プログラム tplgene を、最新版の tplgeneX に変更。 tplgeneX 実装により、核酸分子の計算が可能となった。 tplgeneX 実装により …

MolDesk Basic version 1.1.16 リリース

機能追加 [File] – [Copy Project] で、プロジェクトをコピーした際に、コピー元のプロジェクトに加えて、コピー先のプロジェクトも同時に開くようにした(系の複製を多数作成して、解析したいとい …

MolDesk Basic version 1.1.15 リリース

機能追加 [Docking NMR] で、溶液 NMR 実験データを入力するときに、ユーザが簡易に入力できる GUI を開発した。(以前は、ファイル入力だけだった。) 化合物データをインターネット経由で入力可能にした [ …

MolDesk Basic version 1.1.14 リリース

機能追加 AWS の Windows 64bit 環境下で動作するようコード全体を見直した。 バグ修正 [Clean Geometry] – [Only *** molecule and neiborhood …

MolDesk Basic version 1.1.13 リリース

機能追加 ツリー表示画面で、複数のプロジェクトを切り替えた後も、表示の状態を保存するようにした。 バグ修正 複数のプロジェクトを表示しているときに、リガンドリスト画面でリガンドを選択した後に、3D表示がおかしくなるバグ修 …

MolDesk Basic version 1.1.12 リリース

機能追加 3D表示画面で、背景(デフォルトで黒)をクリックしたときに、原子などの選択を解除するようにした。 バグ修正 「Cap with ACE and NME」コマンドでタンパク質の N/C 末端処理を行うときに、1個 …

MolDesk Basic version 1.1.11 リリース

バグ修正 ver.1.1.7, ver.1.1.8, ver.1.1.9, ver.1.1.10 において永久ライセンスが有効にならないバグ修正。

MolDesk Basic version 1.1.10 リリース

機能追加 ドッキング計算、および、[Convert to 3D Mol2] コマンドにおいて、多数の sdf / mol / mol2 ファイルを一括で選択して、座標の3次元化 + 電荷付加 する機能において、生成する …

MolDesk Basic version 1.1.9 リリース

機能追加 ドッキング計算で使うリガンド分子を、外部ファイル入力可能にしました。 ・多数の sdf/mol/mol2 ファイルを一括で指定可 ・一括で、3次元化 + 電荷付加も可 溶液 NMR の化合物のシグナル(水素原子 …

MolDesk Basic version 1.1.8 リリース

機能追加 ツリー表示で、分子番号が必ず連番になっていたが、初期の番号をなるべく保存するようにした。ただし、tplgene が実行されると連番になる。 上記の改良により、分子の削除、コピーの処理速度が高速になった。 ツリー …

MolDesk Basic version 1.1.7 リリース

機能追加 海外ユーザからの指摘で、特定の言語ロケールでMolDeskを起動したときに、実数入力でエラーになったり、PDBが正しく入力できない現象が見つかったので、起動時の言語ロケールを英語に限定した。 ドッキング計算にお …

MolDesk Basic version 1.1.4 リリース

機能追加 [File] – [Export Image] で、3D画面を png ファイルに出力するときに、幅と高さのピクセルサイズを指定して出力できるようにしました。高解像度の絵が必要な時や、A0ポスターに …

MolDesk Basic version 1.1.3 リリース

ver.1.1.2のバグ修正 ラベル表示が、Preference の設定を変えても切り替わらないバグの修正 機能追加 水素結合の表示で、結合に関わる原子のうち、どちらか一方が選択されたときに水素結合を表示するか、両方とも …

MolDesk Basic version 1.1.2 リリース

機能の大幅な追加に伴い、画面レイアウトも含めて、使いやすさを改良しました。 「Ligand Info画面」を新設し、系の全化合物の2D構造式と、合成容易性(SA)をリアルタイムに表示 新規に、「手動ドッキング」の計算機能 …

MolDesk Basic version 1.0.2.0 リリース

◆ 他の計算サーバで計算するための、Export機能を改良しました。 ● 「File」-「Export」で、作業中の系をzipファイルの形でまとめて外部出力するときに、ツリー表示の分子名と同じファイル名で、個別分子のPD …

MolDesk Basic version 1.0.1.0 リリース

◆ ファイルを入力して分子を取り込むときに、ファイルの情報を保持する方向で、以下の機能追加と修正をしました。 [Insert from File]では、座標変換を行って、3D画面でユーザがマウスクリックした点に分子を取り …

version 0.8.7 β

化合物に3重結合がある場合も、ドッキング計算やMD計算などができるようになりました。myPrestoでは、3重結合に関わる3原子が直鎖状に位置するときに、ドッキング計算、構造最適化計算、MD計算で、torsion計算が発 …

version 0.7.3 β

系全体のPDBファイルを出力可能にしました。 3D画面を、画像ファイル(png)出力可能にしました。

version 0.6.3 β

分子内の水素結合表示、分子間の水素結合表示が可能になりました。GUIでユーザが選択した分子について、水素結合を表示します。 ユーザが選択した原子(任意個数可)の、ラベル表示が可能になりました。「残基名 + 原子名」の形で …

version 0.5.0 β

タンパク質の表示で、分子表面表示モードを加えました。

version 0.4.5 β

ユーザが選択した任意の分子、原子の、3D画面での表示・非表示ができるようになりました。ツリー画面上で対象を選択してから、右クリックすると、「Show atom」「Hide atom」メニューが現われ、3D画面での表示・非 …

version 0.3.1 β

[Everything Clean Geometry] [Everything Clean Geometry Water]ボタンを追加しました。PDB / mol2 / sdf / mol ファイルを読み込んだときに、読 …

version 0.1.0 β

Linux動作版を作成しました。64bitだけを対象とし、32bitはサポートしません。

version 0.0.2 β

入力可能なファイル形式を、pdb mol2 だけから、pdb mol2 sdf mol に拡張しました。ChemDrawなどの、mol形式の出力ファイルが読み込めるようになりました。 spacefill表示の遠近法が強す …

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