プロジェクトを保存するフォルダ名は日本語が可能ですか？

可能です。Unicodeで処理してますので、日本語名のフォルダや、パスでも正常に動作します。

MolDesk Screening でスクリーニング計算する場合は、計算結果データを保存するプロジェクトのパスに、スペースが入ることが許されません（パスにスペースが入っている場合は警告画面が出て保存できません）。