In silico drug design (molecular design) package software with myPresto インシリコ創薬による、ドラッグデザイン(薬剤分子設計) パッケージ ソフトウェア

MolDesk Screening コマンド一覧

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MolDesk Screening コマンド一覧

※ MolDesk Screening は、MolDesk Basic のコマンドをすべて含みます。
以下では、MolDesk Basic に含まないコマンドを説明します。

Expert

高精度なポケット探索

コマンド 機能
Find Pocket Molsite による高精度なポケット探索 (並列計算による高速化)

Screening

インシリコ薬剤スクリーニングを実行します。

 

コマンド 機能
MTS / Docking score ranking MTS(Multiple Target Screening)法、または、ドッキングスコア順 によるスクリーニング
並列計算による高速化)
ML-MTS ML-MTS(Machine Learning Multiple Target Screening)法によるスクリーニング
並列計算による高速化)
ML-DSI ML-DSI(Machine Learning Docking Score Index)法によるスクリーニング
並列計算による高速化)
MVO Screening MVO Screening (旧名:MD-MVO (molecular dynamics maximum volume overlap method))による類似構造検索
Topology Graph Similarity 類似構造検索
Substructure Search 部分構造検索
Docking-score QSAR Docking score QSAR による特定タンパク質に対する化合物の活性値予測

Preparation

スクリーニング計算のための化合物(数百万化合物も可)のデータ加工を実行します。

コマンド 機能
Convert to 3D Mol2 多数の sdf/mol/mol2 ファイルを、AMBER GAFF2 力場で構造最適化し3次元化して、MOPAC7 AM1 で電荷を付加して、多数の Mol2 ファイルと、それらすべてをマージした multi Mol2 ファイルに変換。

(この機能は、MolDesk Basic にもありますが、MolDek Screening では並列計算で高速に処理します。)

Make DB for Screening [Convert to 3D Mol2] と同じ処理を実行した後に、MTS / ML-MTS / ML-DSI 法でスクリーニングできるようにデータ加工する。並列計算で高速に処理。
Remake DB for Screening [Make DB for Screening] で作成したスクリーニング用化合物データベースや、LigandBox を、高性能な並列計算機で高速にスクリーニング計算できるように、分割数をより大きくして作り直す。
Make DB for Docking-score QSAR ChEMBL からダウンロードした実験値を使って、[Docking-score QSAR] で活性値を計算するための回帰パラメタを作成する。

Window

MolDesk を構成する各画面の生成

コマンド 機能
Screening Info Screening 結果リスト画面を再表示

試用版はお気軽にお問い合わせ下さい (Please feel free to request a trial version)

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