MolDesk Screening コマンド一覧

MolDesk Screening コマンド一覧

※ MolDesk Screening は、MolDesk Basic のコマンドをすべて含みます。
以下では、MolDesk Basic に含まないコマンドを説明します。

Expert

高精度なポケット探索

コマンド	機能
Find Pocket	Molsite による高精度なポケット探索　（並列計算による高速化）

Screening

インシリコ薬剤スクリーニングや回帰分析を実行します。

コマンド	機能
Screening : MTS/Docking score	MTS(Multiple Target Screening)法、または、ドッキングスコア順 によるスクリーニング （並列計算による高速化）
Screening : ML-MTS	ML-MTS(Machine Learning Multiple Target Screening)法によるスクリーニング （並列計算による高速化）
Screening : ML-DSI	ML-DSI(Machine Learning Docking Score Index)法によるスクリーニング （並列計算による高速化）
MVO Screening	MVO Screening （旧名：MD-MVO (molecular dynamics maximum volume overlap method)）による類似構造検索
Topology Graph Similarity	類似構造検索
Substructure Search	部分構造検索
Predict Activity	Docking score QSAR による特定タンパク質に対する化合物の活性値予測
Predict with Regression model	回帰分析による化合物の各種特性値予測

Preparation

スクリーニング計算や回帰分析のための化合物のデータ加工を実行します。

コマンド	機能
Convert to 3D Mol2	多数の sdf / mol / mol2 / SMILES ファイルを、AMBER GAFF2 力場で構造最適化し3次元化して、MOPAC7 AM1 で電荷を付加して、多数の Mol2 ファイルと、それらすべてをマージした multi Mol2 ファイルに変換。 （この機能は、MolDesk Basic にもありますが、MolDek Screening では並列計算で高速に処理します。）
Make DB for Screening	[Convert to 3D Mol2] と同じ処理を実行した後に、MTS / ML-MTS / ML-DSI 法でスクリーニングできるようにデータ加工する。並列計算で高速に処理。
Remake DB for Screening	[Make DB for Screening] で作成したスクリーニング用化合物データベースや、LigandBox を、高性能な並列計算機で高速にスクリーニング計算できるように、分割数をより大きくして作り直す。
Make DB to predict Activity	ChEMBL からダウンロードした実験値を使って、[Predict Activity] で活性値を計算するための回帰パラメタを作成する。
Make Regression model	ChEMBL からダウンロードした実験値やユーザが用意した実験値を使って、[Predict with Regression model] で化合物の各種特性値を計算するための回帰パラメタを作成する。

Window

MolDesk を構成する各画面の生成

コマンド	機能
Screening Info	Screening 結果リスト画面を再表示
QSPR Info	定量的構造物性相関（QSPR、Quantitative Structure-Property Relationship）の結果リスト画面を再表示