2sod

PDB 2sod P4-M8-W(タンパク質4、金属8、結晶水)
DETERMINATION AND ANALYSIS OF THE 2 ANGSTROM STRUCTURE OF COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE

オリジナルの PDB のタンパク質に、水素原子を付加すると、tplgeneX で以下のエラーが発生して処理できなかった。

ERROR> setCoordinate
All the atom positions are not defined.
The next atoms should be checked again.
N= 1 CA     RES= 0 ACE MOL= 1
N= 2 HH31 RES= 0 ACE MOL= 1
N= 3 HH32 RES= 0 ACE MOL= 1
N= 4 HH33 RES= 0 ACE MOL= 1
N= 8 H       RES= 1 ALA MOL= 1

このため、4個のタンパク質の、N末端側のキャッピング残基である ACE 残基だけを削除してから、以下の処理を実行したら、ACE 残基が再度正しく付加されて、最後まで処理できた。

1.P4 タンパク質の末端処理 OK
2.P4 タンパク質のS-S結合付加 OK
3.金属以外のすべての分子の水素原子付加 OK
4.系全体のエネルギー極小化計算、分子動力学計算 OK