機能追加

  • 2 次元化合物の 3 次元化において、conformer 生成プログラム confgeneC の計算が終わらないケースがまれに発生するケースがあったので、5 分でタイムアウトしてエラーログ出力するようにした。
  • File – Import Trajectory メニューの追加。myPresto (cosgene, psygene etc.) / DCD (CafeMol, MARBLE, CHARMM, NAMD etc.) / GROMACS / AMBER (netcdf 形式のみ)  のトラジェクトリファイルと参照構造 PDB を読み込んで、動画表示と、アニメーション GIF (animated GIF/ GIF animation) ファイル出力を可能にした。
  • File – Export Trajectory メニューの追加。トラジェクトリファイルの出力を可能にした。
  • Change Bond Order コマンドで、2 分子間の重原子の結合生成を可能にし、2 分子の結合を可能にした。
  • MD Analysis 画面の各種エネルギー、温度グラフを、トラジェクトリファイルが存在するときは、エネルギー出力ファイルでなくトラジェクトリファイルの情報を使って書くようにした。結果的に、トラジェクトリファイルのみ出力する psygene / psygene-G の各種エネルギー、温度グラフの描画が可能になった。
  • MD Analysys 画面の動画コントローラにおいて、Frame と Step の Spinner の表示サイズが 1 桁だったのを 8 桁にした。
  • Ligand Info 画面、Docking Info 画面、Screening Info 画面の 2D 化学式のカラムの横幅を大きくして、2D 化学式がなるべくはみ出さないようにした。

バグ修正

  • Insert from File / Add Remote Compound / Add Fragment コマンドで化合物を系に加えたときに、初期の 3D 表示がデフォルトのボールアンドスティックでなく、ワイヤーフレーム表示になっていたのを修正した。