機能追加   Screening

  • MVO Screening 機能の追加。MVO Screening (旧名:MD-MVO)とは、2つの分子の立体的な重ね合わせにより、重なりの大きいものを類似性が高いとする類似化合物探索。詳細はこちら
  • スクリーニング結果を表示する化合物リストテーブルの化合物を選択すると、そのドッキングポーズの化合物を計算系に加える機能追加。化合物リストテーブルの分子のカラムを右クリックするとメニューが出る。

機能追加   Basic

  • [Insert from file] で、point.pdb というファイル名の PDB ファイルを読み込んだときは、ドッキング計算のポイントファイル(ポケットのプローブ点集合)として読み込むようにした。
  • Center ボタンで任意の選択分子・原子を 3D 表示の中心に移動したときに、適度なサイズで 3D 画面に収まるように自動的に拡大・縮小するようにした。
  • (株)京都コンステラ・テクノロジーズ様の RecGen (Refined Compound Generator) で作成した新規構造化合物をリスト表示するようにした。デフォルト設定では、ssh 経由で、(株)京都コンステラ・テクノロジーズ様の ReCGen 計算サーバへジョブを投げて計算する。MolDesk の2次元エディターを使って母核構造を入力する。詳細はこちら
  • 2次元エディター (JChemPaint) の mol ファイル出力で、atomic bond(4) を有効にした。
  • GROMACS のトラジェクトリ解析結果ファイル ( xvg, xpm, dssp, pca, H-bond ) を読み込み複数の 2次元グラフを同時に表示して、GROMACS 出力のトラジェクトリの動画とすべての 2D グラフが連動(同期)するようにした。GROMACS で解析した2次構造 ( dssp ) や水素結合の時間変化も動画と連動して表示する。2次元グラフの横軸、縦軸は任意に拡大表示可能(MD Analysis 画面)。詳細はこちら
  • GROMACS のトラジェクトリファイルは、ファイルセレクタで拡張子 xtc に限定した。
  • myPresto の MDプログラムのトラジェクトリ解析で、任意の原子2点間の距離と、任意の原子2点のなす面と、任意の原子2点のなす面の2面角の時間変化グラフ表示を可能にした。グラフは動画と時間連動して表示する。
  • 動画表示中の 3D 表示画面で、マウスによる原子選択を可能にした。
  • Import Trajectory や Open Project でトラジェクトリファイルを読み込んだときに、メモリ不足が生じたときに警告画面を表示するようにした。
  • [Convert to 3D Mol] や [Docking] などで、多数のファイルを multifile セレクタ―で選択するときに cancel したときは、database ディレクトリを作成しないようにした。
  • [Convert to 3D Mol] で、電荷生成方法を、MOPAC7 AM1 と MOPAC7 AM1BCC から選択できるようにした。
  • [Select] – [Atoms within within d angstrom] で選択された残基番号を、Console に表示するようにした。レセプターのポケットを構成する残基番号リストとして、sitemap など他のプログラムの入力として使える。
  • 最新バージョンの存在を、moldesk.com サーバの情報でチェックして、上位のバージョンがある場合に画面表示するようにした。Preference 画面で、この機能は停止可能。
  • About MolDesk 画面で、上位の最新バージョンがある場合は表示するようにした。
  • MolDesk のプロジェクトでないディレクトリを Open Project で開いたときにエラー表示するようにした。
  • MD Analysis 画面の動画コントローラーの spinner のサイズが小さく表示されていたが、すべての桁が表示されるようにした。
  • Console 画面の横スクロールバーの設置

バグ修正

  • 分子を [Delete Molecule] で削除した直後に、[File] – [Export PDB] で全系の PDB を出力するときに、削除する前の PDB を出力するバグ修正。